Renamed global state from "currentState" to "globalState".
[openmx:proteins-proteins-openmx.git] / CHANGES
1 trunk
2 =====
3 * renamed global state from "currentState" to "globalState"
4
5 Release 1.3.0-2168 (September 17, 2012)
6 =======================================
7 * added mxOption() for "Analytic Gradients" with possible values "Yes"/"No"
8 * added 'cache' and 'cacheBack' arguments to mxEval()
9 * added omxLocateParameters() function (see ?omxLocateParameters)
10 * type='RAM' allowing 'manifestVars' argument to appear in a different order
11   than in the observed covariance matrix.
12 * the configuration mxRun(model, checkpoint = TRUE) writes a line
13   in the checkpoint file at the conclusion of model optimization.
14 * added "Always Checkpoint" to mxOptions() with values "Yes" or "No"
15 * header for the checkpoint file will identify anonymous 
16   free parameters with the string modelName.matrixName[row,col]
17 * omxGetParameters() and omxSetParameters() support anonymous
18   free parameters
19 * implemented cov2cor in the OpenMx backend
20 * mxOption "Major iterations" accepts either a value or a function
21 * now tracking the MxAlgebra and MxMatrix objects that need to be updated
22   when populating free parameters or updating definition variables.
23 * performance improvements in mxModel() when building RAM models
24 * performance improvements in mxRun() frontend for large matrices
25 * rewrite on the processing of objective functions in the frontend
26 * added R functions omxCbind(), omxRbind(), and omxTranspose()
27 * added 'fetch' argument to omxGetParameters()
28
29 Release 1.2.5-2156 (September 5, 2012)
30 ======================================
31 * bugfix to omxRAMtoML() when input model has covariance data
32 * fixing memory leak in cleaning up algebras when optimization is complete
33 * fixing memory leak in omxImaginaryEigenvalues()
34 * fixed a bug that manifests in confidence intervals with definition variables
35   (see http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/1505)
36 * fixed a bug in the identification of NA definition variables
37   (see http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/1521)
38
39 Release 1.2.4-2063 (May 22, 2012)
40 =================================
41 * added argument "name" to omxSetParameters()
42 * error checking for 0-length arguments to mxPath()
43 * fixing several memory leaks
44
45 Release 1.2.3-2011 (April 10, 2012)
46 ===================================
47 * bugfix when (I-A)^-1 speedup is disabled
48 * bugfix in mxAlgebra() detection of missing operator or function
49 * bugfix in joint FIML when: 1) there are no definition variables, 
50   2) the first (sorted) row with a new number of ordinal variables, and 
51   3) has all continuous variables missing
52
53 Release 1.2.2-1986 (March 22, 2012)
54 ===================================
55 * setting default value for mxOption("UsePPML") to "No" until
56   the feature is adequately tested. Added test enforcing default
57   value to test suite.
58
59 Release 1.2.1-1979 (March 21, 2012)
60 ===================================
61 * bug fix for interaction of matrix transpose and square bracket substitutions
62 * renaming mxLISRELObjective() to imxLISRELObjective(), LISREL objective function is not yet implementated.
63 * improved error messages when a free parameter has multiple lbounds/ubounds
64 * improved error messages when passing strings into mxModel()
65 * improved error messages in mxEval()
66
67 Release 1.2.0-1926 (February 04, 2012)
68 ======================================
69 * new interface such that 'objective@info$expMean', 'objective@info$expCov'
70   and 'objective@info$likelihoods' are available in FIML or RAM objective functions.
71 * bug fix for omxSetParameters with lbound or ubound of NA.
72 * catching unknown matrix operator or function in mxAlgebra() or mxConstraint() declaration
73 * deprecated 'all' argument from mxPath function and replaced it with 'connect' argument. Also updated demos that used 'all' argument and documentation.
74 * removed 'excludeself' argument from mxPath() function
75 * added deprecation warning for argument 'all' = TRUE in mxPath()
76 * added support for OpenMP in hessian calculation
77 * added support for OpenMP in continuous FIML objective function
78 * added support for OpenMP in ordinal FIML objective function
79 * added support for OpenMP in joint ordinal/continuous FIML objective function
80 * added more descriptive error message to mxOption()
81 * serializing the sum operation on likelihoods - floating point addition is not associative
82
83 Release  1.1.2-1818 (October 24, 2011)
84 ======================================
85 * fixed bug in summary() function, see http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/1104
86 * fixed bug in independence model likelihood calculation for ML objective
87 * included support for gcc 4.5 and 4.6 under 32-bit x86
88
89 Release  1.1.1-1784 (September 11, 2011)
90 ========================================
91 * fixed several bugs in joint ordinal-continuous integration
92 * fixed several typos in User Guide
93
94 Release  1.1.0-1764 (August 22, 2011)
95 =====================================
96 * Joint and Ordinal documentation included and up to date.
97 * added deprecation warning for argument 'all'=TRUE in mxPath()
98 * added omxSelectRowsAndCols, omxSelectRows and omxSelectCols documentation
99 * fixed model flattening to keep track of confidence intervals in submodels
100 * added error checking for dimnames on MxMatrix and MxAlgebra objects
101 * reformated comments and heading style for all demos
102 * fixed segmentation fault on backend error condition
103 * turn off jiggling of free parameters with starting values of 0.0 when useOptimizer=FALSE
104 * allow non-RAM objective functions in RAM model
105 * change model type names to 'default' and 'RAM'
106 * no longer explicitly transforming RAM + raw data models into FIML models
107 * fixed bug in MxMatrix indexing operator
108 * added argument 'threshnames' to mxFIMLObjective() and mxRAMObjective()
109 * renaming majority of omx* functions to imx* functions. See http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/761
110 * added error checking to mxOption() function
111 * added "Optimality tolerance" to mxOption() selection
112 * added 'lbound' and 'ubound' columns to summary() output of free parameters
113 * added asterisks to the 'lbound' and 'ubound' columns when feasibility tolerance is met
114 * added "omxNot" function to the set of available mxAlgebra() function
115 * added "omxSelectRows", "omxSelectCols", and "omxSelectRowsAndCols" as mxAlgebra operators()
116 * added "mean" function to the set of available mxAlgebra() functions
117 * added slots "expCov" and "expMean" to the MxRAMObjective function
118 * added useOptimizer option to mxRun.
119 * added error checking in frontend and backend for non-positive-definite observed covariance matrices
120 * added "omxGreaterThan", "omxLessThan", "omxApproxEquals", "omxAnd", and "omxOr" operators to the set of mxAlgebra() operators
121 * error checking for model[[1]] or model[[TRUE]]
122 * error checking in the front-end whether more than 20 ordinal columns are present in a data set
123 * improved performance in the front-end in mxModel() for adding paths to RAM models
124 * print name of algebra when operator has too few or too many arguments
125 * added mxErrorPool() function and R documentation.
126 * added Apache license information to all R documentation files.
127 * new implementation of mxEval().
128 * new argument 'defvar.row' to mxEval().  See ?mxEval.
129 * handling definition variables for (I - A) ^ - 1 speedup
130 * handling square bracket labels for (I - A) ^ - 1 speedup
131 * added argument 'free' to omxGetParameters.  See ?omxGetParameters.
132 * added argument 'strict' to omxSetParameters.  See ?omxSetParameters.
133 * eliminated warnings for confidence interval optimization codes
134 * added "..." argument to mxRObjectiveFunction()
135 * fix memory leak in RAM objective function
136 * removed dependency to MBESS library in R documentation
137 * added more descriptive error message when thresholds are not sorted
138 * incorporated NaN unsafe matrix-matrix multiplication (dgemm) from R <= 2.11.1
139 * incorporated NaN unsafe matrix-vector multiplication (dgemv) from R <= 2.11.1
140 * return NA in mxVersion() if "OpenMx" cannot be found
141 * fix infinite loop in objective function transformations
142 * added initialization to load OpenMx on swift workers
143 * implemented omxParallelCI() to calculate confidence intervals in parallel
144 * only calculating CIs for upper triangle of symmetric matrices
145 * cleanup appearance of transient MxMatrix objects in error messages
146 * fix bug with very large number of omxUntitledName() objects
147 * added optional argument CPUS=n to "make test" target
148 * change snowfall interface to use sfClusterApplyLB()
149 * storing raw data in row-major order, and copying contiguous data rows
150 * fix bug in mxModel() when using remove = TRUE
151
152 Release 1.0.7-1706 (July 6, 2011)
153 =================================
154 * error checking in front-end for non-positive-definite observed covariance matrices
155 * fix bug in MxMatrix indexing operator
156 * added deprecation warning for argument 'all'=TRUE in mxPath()
157
158 Release 1.0.6-1581 (March 10, 2011)
159 ===================================
160 * Bug fix corner case in sorting data with definition variables
161
162 Release 1.0.5-1575 (March 8, 2011)
163 ==================================
164 * added error checking in ML objective to match expected covariance and observed covariance matrices
165 * updated BootstrapParallel.R demo to use mxData() instead of model@data
166 * added the dataset from the Psychometrika article (www.springerlink.com/content/dg37445107026711)
167
168 Release 1.0.4-1540 (January 16, 2011)
169 =====================================
170 * added initialization to load OpenMx on swift workers
171 * only calculating CIs for upper triangle on symmetric matrices
172 * fix bug with very large number of omxUntitledName() objects
173 * incorporated NaN unsafe matrix-vector multiplication (dgemv) from R <= 2.11.1
174 * fix bug in mxModel() when using remove = TRUE
175 * Added intervals to MxModel class documentation
176
177 Release 1.0.3-1505 (November 10, 2010)
178 ======================================
179 * return NA in mxVersion() if "OpenMx" cannot be found
180 * eliminate infinite loop in objective function transformations
181
182 Release 1.0.2-1497 (November 5, 2010)
183 =====================================
184 * missing <errno.h> include 
185 * fix memory leak in RAM objective function
186 * incorporated NaN unsafe matrix-matrix multiplication (dgemm) from R <= 2.11.1
187
188 Release 1.0.1-1464 (October 8, 2010)
189 ====================================
190 * bugfix for mxEval() and MxData objects
191 * handling definition variables for (I - A) ^ - 1 speedup
192 * handling square bracket labels for (I - A) ^ - 1 speedup
193 * added argument 'free' to omxGetParameters.  See ?omxGetParameters.
194 * added argument 'strict' to omxSetParameters.  See ?omxSetParameters.
195 * eliminated warnings for confidence interval optimization codes
196
197 Release 1.0.0-1448 (September 30, 2010)
198 =======================================
199 * added missing entries to demo 00INDEX file
200
201 Release 0.9.2-1446 (September 26, 2010)
202 =======================================
203 * added growth mixture models to user guide
204 * added initial Swift hook in omxLapply() - currenly activated only for mxRun calls
205 * fixed a bug in mxRename() when encountering symbol of missingness
206 * bugfix for crash when '*' is used instead of '%*%'
207 * feature removal: square brackets in MxMatrix labels now accept only literal values
208 * bugfix for definition variables used in mxRowObjective (which is still experimental)
209 * bugfix for (I - A) ^ -1 speedup with FIML optimization
210
211 Release 0.9.1-1421 (September 12, 2010)
212 =======================================
213 * fixed a bug in -2 LL calculation in RAM models with definition variables and raw data
214
215 Release 0.9.0-1417 (September 10, 2010)
216 =======================================
217 * improved error messages for non 1 x n means vectors in FIML and ML
218 * fixed a performance bug that was forcing too many recalculations of the covariance matrix in FIML optimizations.
219 * defualt behavior is to disable standard error calculations when model contains nonlinear constraints
220 * improved error messages for NA values in definition variables
221 * added error message when expected covariance dimnames and threshold dimnames do not contain the same elements.
222 * fixed a bug when mxRename() encounters a numeric or character literal.
223 * new chapters added to OpenMx user guide.
224 * fixed a bug in -2 log likelihood calculation with missing data
225
226 Release 0.5.2-1376 (August 29, 2010)
227 ====================================
228 * improved error messages when identical label is applied to free and fixed parameters
229 * added 'onlyFrontend' optional argument to mxRun() function.  See ?mxRun.
230 * disabling cbind() and rbind() transformations as they are broken.
231
232 Release 0.5.1-1366 (August 22, 2010)
233 ====================================
234 * added error detection when multiple names are specified in mxMatrix(), mxAlgebra(), etc.
235 * removed 'digits' argument from mxCompare.  Target behavior of argument was unclear.  See ?mxCompare
236 * more informative error messages for 'dimnames' argument of objective functions
237 * more informative error messages when constraints have wrong dimensions
238 * improved error detected for 'nrow' and 'ncol' arguments of mxMatrix() function
239 * fixed a bug in ordinal FIML objective functions with non-used continuous data
240
241 Release 0.5.0-1353 (August 08, 2010)
242 ====================================
243 * calculating cycle length of RAM objective functions
244 * bugfix: preserve rownames when converting data.frame columns to numeric values
245 * 'nrow' and 'ncol' arguments now supercede matrix dimensions in mxMatrix()
246 * add boolean argument 'vector' to mxRAMObjective() for returning the vector of likelihoods
247 * added demo(OneFactorModel_LikelihoodVector) as example of 'vector=TRUE' in RAM model
248 * cbind() and rbind() inside MxAlgebra expressions with all arguments as MxMatrix objects are themselves transformed into MxMatrix objects
249 * bugfix with square bracket substitution
250 * finishing implementing sorting of raw data in mxFIMLObjective()
251 * added 'RAM Optimization' and 'RAM Max Depth' to model options.  See ?mxOption
252 * added support for linux x86_64 with gcc 4.1.x
253
254 Release 0.4.1-1320 (June 12, 2010)
255 ==================================
256 * confidence interval optimizations now jitter if they can't get started
257 * added error checking for dimensions of expected means in ML + FIML objectives
258 * check for missing observed means when using (optional) expected means in ML
259 * added citation("OpenMx") information
260
261 Release 0.4.0-1313 (June 09, 2010)
262 ==================================
263 * fixed bug in calculation of confidence intervals around non-objective values
264 * checking for partial square bracket references on input
265 * fixed error reporting for non-positive-definite covariances in FIML
266 * implemented initial sorting-based speedup for FIML objectives
267 * added 'No Sort Data' to mxOptions()
268 * eliminated getOption('mxOptimizerOptions') and getOption('mxCheckpointOptions') 
269 * added getOption('mxOptions')
270 * error messages for illegal names provide function call information
271 * added 'estimates' column to confidence intervals in summary() of model
272 * fixed bug so checkpointing will work in R 2.9.x series
273 * fixed bug so mxRename() works on confidence interval specification
274 * renaming 'estimates' column of confidence interval summary output to 'estimate'
275
276 Release 0.3.3-1264 (May 24, 2010)
277 =================================
278 * confidence interval frontend was requesting nonexistent matrices
279 * omxNewMatrixFromMxMatrix() assumed input was always integer vector S-expression
280 * confidence intervals mislabeling free parameter names
281
282 Release 0.3.2-1263 (May 22, 2010)
283 =================================
284 * added 'newlabels' argument to omxSetParameters() function
285 * now throwing errors to the user when detected from the backend in mxRun()
286 * checkpointing mechanism implemented - mxRun(model, checkpoint = TRUE)
287 * never computing confidence intervals for matrix cells where free = FALSE (all bets are off on algebras)
288 * added mxOption(model, "CI Max Iterations", value) 
289 * added documentation for mxRestore() function
290 * default expected means vectors are no longer generated
291
292 Release 0.3.1-1246 (May 09, 2010)
293 =================================
294
295 * new arguments to mxRun() for checkpointing and socket communication (doesn't work yet)
296 * throw an error if FIML objective has thresholds but observed data is not a data.frame object.
297 * bugfix for R version 2.11.0 is detecting as.symbol("") character as missing function parameter
298 * mxFactor() function accepts data.frame objects
299 * added mxCI() function to calculate likelihood-based confidence intervals
300 * mxCompare() shows model information for base models
301 * added flag all=[TRUE|FALSE] to mxCompare() function
302 * 'SaturatedLikelihood' argument to summary() function will accept MxModel object
303
304 Release 0.3.0-1217 (Apr 20, 2010)
305 =================================
306
307 new features
308 ------------
309 * implemented new ordinal data interface http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/416#comment-1421 (except for 'means=0' component)
310 * added mxFactor() function (see ?mxFactor for help)
311 * added R documentation for rvectorize() and cvectorize()
312 * implemented eigenvalues and eigenvectors
313 * added 'numObs', 'numStats' arguments to mxAlgebraObjective()
314 * added 'numObs', 'numStats' arguments to summary()
315
316 changes to interface
317 --------------------
318 * mxConstraint("A", "=", "B") is now written as mxConstraint(A == B)
319 * renaming 'cov' argument to 'covariance' in omxMnor()
320 * renaming 'lbounds' argument to 'lbound' in omxMnor()
321 * renaming 'ubounds' argument to 'ubound' in omxMnor()
322 * renaming 'cov' argument to 'covariance' in omxAllInt()
323 * argument 'silent = TRUE' to mxRun() will no longer suppress warnings
324 * argument 'suppressWarnings = TRUE' to mxRun() will suppress warnings
325
326 bug fixes
327 ---------
328 * added error checking for mxBounds() with undefined parameter names
329 * improving error messages in mxMatrix() function
330 * fixed aliasing bug in mxAlgebra() with external variables and constant values
331
332 internal
333 --------
334 * added directory to repository for nightly tests ("make nightly")
335 * performance improvement to namespace conversion
336 * changing MxPath data structure from a list to an S4 object
337 * new signature for omxSetParameters(model, labels, free, values, lbound, ubound, indep)
338 * checked in implementation of mergesort
339 * changed mxCompare() signature to mxCompare(base, comparison, digits = 3)
340
341
342 Release 0.2.10-1172 (Mar 14, 2010)
343 ==================================
344 * bugfix for assigning default data name when default data does not exist
345 * bugfix for sharing/unsharing data to a three-level hierarchy
346 * bugfix for error reporting in bad matrix access, uncalculated std. errors, and poor omxAllint thresholds
347 * implemented rvectorize, cvectorize algebra functions: vectorize by row, and vectorize by column
348 * not allowing the following forbidden characters in names or labels: "+-!~?:\*/^%<>=&|$"
349 * added timestamp to summary() output
350 * reimplemented summary() function to handle unused data rows, and independent submodels
351 * reimplemented names(model), model$foo, and model$foo <- value to return all components of a model tree
352 * started work on an "OpenMx style guide" section to the User Guide.
353 * fix documentation + demo errors brought to our attention by dbishop
354
355 Release 0.2.9-1147 (Mar 04, 2010)
356 =================================
357 * bugfix for ordinal FIML with columns that are not threshold columns
358 * bugfix for detection of algebraic cycles when multiple objective functions are present
359 * test cases included for standard error calculation
360 * enabled standard error calculation by default
361
362 Release 0.2.8-1133 (Mar 02, 2010)
363 =================================
364 * bugfix for memory leak behavior in kronecker product calculation
365 * implemented kronecker exponentiation operator %^%.
366 * actually updating means calculations in ordinal FIML models
367 * removing standard errors from summary() until they are computed correctly
368
369 Release 0.2.7-1125 (Feb 28, 2010)
370 =================================
371 * added 'unsafe' argument to mxRun function.  See ?mxRun for more information.
372 * bugfix for filtering definition variable assignment to current data source.
373 * bugfix for using data.frame with integer type columns that are not factors.
374
375 Release 0.2.6-1114 (Feb 23, 2010)
376 =================================
377 * implemented omxAllInt, use ?omxAllInt for R help on this function
378 * implemented omxMnor, use ?omxMnor for R help on this function
379 * added option to calculate Hessian after optimization.  See ?mxOption for R help.
380 * added option to calculate standard errors after optimization.  See ?mxOption for R help.
381 * added R documentation for vech, vechs, vec2diag, and diag2vec
382 * performance improvements for independent submodels
383 * added 'silent=FALSE' argument to mxRun() function
384 * added R documentation for omxApply(), omxSapply(), and omxLapply()
385 * wrote mxRename() and added R documentation for function
386 * added 'indep' argument to summary() to ignore independent submodels (see ?summary)
387 * added 'independentTime' to summary() output. Wall clock time for independent submodels.
388 * added 'wallTime' and 'cpuTime' to summary() output. Total wall clock time and total cpu time.
389 * implemented ':' operator for MxAlgebra expressions. 1:5 returns the vector [1,2,3,4,5]
390 * implemented subranges for '[' operator in MxAlgebra expressions. foo[1:5,] is valid inside algebra.
391 * added omxGetParameters, omxSetParameters, omxAssignFirstParameters.  Use ? for documentation.
392 * renamed all objective function generic functions from omxObj* to genericObj*
393 * enumerated OpenMx and NPSOL options in ?mxOption documentation
394 * implemented foo[x,y] and foo[x,y] <- z for MxMatrix objects
395
396
397 Release 0.2.5-1050 (Jan 22, 2010)
398 =================================
399 * added 'mxVersion' slot to output of summary() function.
400 * added documentation of summary() function.
401 * set default function precision for ordinal FIML evaluation to "1e-9"
402 * not throwing an error on mxMatrix('Full', 3, 3, labels = c(NA, NA, NA))
403 * applying identical error checking to single thresholds matrix and single thresholds algebra
404 * implemented generic method names() for MxModel objects.
405 * implemented vec2diag() and diag2vec() matrix algebra functions.
406
407 Release 0.2.4-1038 (Jan 15, 2010)
408 =================================
409 * definition variables can now be used inside algebra expressions
410 * definition variables inside of MxMatrices will populate to the 1st row before conformability checking. In plain english: you do not need to specify the starting values for definition variables.
411 * the square-bracket operator when used in MxMatrix labels is no longer restricted to constants for the row and column.  The row and column arguments will accept any term that evaluates to a scalar value or a (1 x 1) matrix.
412 * summary() on a model returns a S3 object.  Behaves like summary() in stats package.
413 * eliminated UnusualLabels.R test case.  Too many problems with windows versus OS X versus linux.
414 * implemented vech() and vechs() functions: half-vectorization and strict half-vectorization
415 * fixed bug in ordinal FIML when # of data columns > # of thresholds
416 * added 'frontendTime' and 'backendTime' values to summary() output. They store the elapsed time of a model in the R front-end and C back-end, respectively.
417 * created a name space for the OpenMx library. Only mx**() and omx**() functions should be exported to the user, plus several miscellaneous matrix functions and S4 generic functions.
418 * corrected 'observedStatistics' output of summary() to exclude definition variables
419 * corrected 'observedStatistics' output of summary() count the number of equality constraints
420
421 Release 0.2.3-1006 (Dec 04, 2009)
422 =================================
423 * added 'vector' argument to mxFIMLObjective() function. Specifies whether to return the likelihood vector (if TRUE) or the sum of log likelihoods (if FALSE). Default value is FALSE.
424 * renamed omxCheckEquals() to omxCheckIdentical(). omxCheckIdentical() call "identical" so that NAs can be compared.
425 * added checking of column names of F and M matrices in RAM objective functions.
426 * added 'dimnames' argument to mxRAMObjective() function. Populates the column names of F and M matrices.
427 * added square bracket operator to MxAlgebra expressions.  A[x,y] or A[,y] or A[x,] or A[,] are valid.
428 * square bracket operator supports row and column string arguments.
429 * mxModel(remove=TRUE) accepts both character names or S4 named entities.
430 * added support for x86_64 on OS X 10.6 (snow leopard)
431 * fixed support for x86_64 on Ubuntu 9.10 (gcc 4.4)
432 * throw error message when inserting a named entity into a model with an identical name
433 * added Anthony William Fairbank Edwards "Likelihood" (1972; 1984) A, B, O blood group example to online documentation
434
435 Release 0.2.2-951 (Oct 29, 2009)
436 ================================
437 * omxGraphviz() either prints to stdout or to a filename
438 * updated omxGraphviz() to draw an arrow if (value != 0 || free == TRUE || !is.na(label))
439 * omxGraphviz() returns a character string invisibly
440 * error checking for bogus definition variables
441 * summary() uses matrix dimnames by default, use options('mxShowDimnames'=FALSE) to disable
442 * added support for gcc 4.4 (Ubuntu 9.10) on x86 and x86_64 architectures
443 * created R documention for omxGraphviz() function
444 * generalized dependency specification for objective functions (omxObjDependencies)
445 * fixed cross-reference links in User Guide
446
447 Release 0.2.1-922 (Oct 10, 2009)
448 ================================
449 * checked observed data for dimnames on ML objective functions
450 * using dimnames= argument to mxMLObjective() and mxFIMLObjective()
451   propagates to MxMatrix objects on output.
452 * bug fix for error message where model name is incorrect
453 * updated user guide in response to feedback from beta testers
454 * incremented version number to 0.2.1-922 to sync demos and user guide
455
456 Release 0.2.0-905 (Oct 06, 2009)
457 ================================
458 * several of the twin model demo examples have been recoded.
459 * fixed bug with non-floating point matrices.
460 * more error checking for mxPath().
461 * tools/mxAlgebraParser.py will convert Mx 1.0 algebra expressions (Python PLY library is required).
462 * renamed "parameter estimate" column to "Estimate" and "error estimate" to "Std.Error" in summary().
463 * added 'dimnames' argument to mxFIMLObjective() and mxMLObjective().
464 * error checking for RAM models with non-RAM objective functions.
465
466 Release 0.1.5-851 (Sep 25, 2009)
467 ================================
468 * improved error messages on unknown identifier in a model (beta tester issue)
469 * fixed bug in mxMatrix() when values argument is matrix and byrow=TRUE
470 * implemented square-bracket substitution for MxMatrix labels
471 * fixed a bug in computation of omxFIMLObjective within an algebra when definition variables are used
472 * significant alterations to back-end debugging flags
473 * tweaked memory handling in back-end matrix copying
474 * added support for x86_64 linux with gcc 4.2 and 4.3
475
476 Release 0.1.4-827 (Sep 18, 2009)
477 ================================
478 * added checking and type coercion to arguments of mxPath() function (a beta tester alerted us to this)
479 * moved matrices into submodels in UnivariateTwinAnalysis_MatrixRaw demo
480 * added Beginners Guide to online documentation
481 * mxRun() issues an error when the back-end reports a negative status code
482 * named entities and free or fixed parameter names cannot be numeric values
483 * constant literals are allowed inside mxAlgebra() statements, e.g. mxAlgebra(1 + 2 + 3)
484 * constant literals can be of the form 1.234E+56 or 1.234e+56.
485 * type checking added to mxMatrix arguments (prompted by a forum post)
486 * mxPath() issues an error if any of the arguments are longer than the number of paths to be generated
487 * data frames are now accepted at the back-end
488 * FIML ordinal objective function is now working. Still a bit slow and inelegant, but working
489 * FIML ordinal now accepts algebras and matrices. dimnames of columns must match data elements
490 * implemented free parameter and fixed parameter substitution in mxAlgebra statements
491 * implemented global variable substitution in mxAlgebra statements
492 * turned off matrix and algebra substitution until a new proposal is decided
493 * snow and snowfall are no longer required packages
494 * added cycle detection to algebra expressions
495 * mxEval() with compute = TRUE will assign dimnames to algebras
496 * added dimnames checking of algebras in the front-end before optimization is called
497 * added 'make rproftest' target to makefile
498
499 Release 0.1.3-776 (Aug 28, 2009)
500 ================================
501 * mxEvaluate() was renamed to mxEval() after input from beta testers on the forums.
502 * new function mxVersion that prints out the current version number (beta tester request).
503 * When printing OpenMx objects, the @ sign is used where it is needed if you would want to print part of the object (beta tester request).
504 * now supports PPC macs.
505 * implemented AIC, BIC and RMSEA calculations.
506 * mxMatrix documentation now talks about lower triangular matrices (beta tester request).
507 * fixed bugs in a number of demo scripts.
508 * added chi-square and p-value patch from beta tester Michael Scharkow.
509 * added comments to demo scripts.
510 * fixed a bug in the quadratic operator  (a beta tester alerted us to this).
511 * means vectors are now always 1xn matrices (beta tester request).
512 * added an option "compute" to mxEval() to precompute matrix expressions without going to the optimizer.
513 * Matrix algebra conformability is now tested in R at the beginning of each mxRun().
514 * named entities (i.e. mxMatrices, mxAlgebras, etc.) can no longer have the same name as the label of a free parameter.  (This seems obscure, but you will like what we do with it in the next version!)
515 * can use options(mxByrow=TRUE) in the R global options if you always read your matrices in with the byrow=TRUE argument.  Saves some typing.  (beta tester request)
516 * fixed the standard error estimates summary.
517 * added mxVersion() function to return the version number (as a string).
518
519 Release 0.1.2-708 (Aug 14, 2009)
520 ================================
521 * Added R help documentation for omxCheckCloseEnough(), omxCheckWithinPercentError(), 
522         omxCheckTrue(), omxCheckEquals(), and omxCheckSetEquals()
523
524 * (mxMatrix) Fixed a bug in construction of symmetric matrixes.
525     - now supports lower, standardized, and subdiagonal matrices.
526
527 Release 0.1 (Aug 03, 2009)
528 ==========================
529 * (mxEvaluate) mxEvaluate translates MxMatrix references, MxAlgebra references,  MxObjectiveFunction references, and label references.
530
531 * (mxOptions) added 'reset' argument to mxOptions()
532
533 * (mxPath) renamed 'start' argument of mxPath() to 'values'
534     - renamed 'name' argument of mxPath() to 'labels'
535     - renamed 'boundMin' argument of mxPath() to 'lbound'
536     - renamed 'boundMax' argument of mxPath() to 'ubound'
537     - eliminated 'ciLower' argument of mxPath()
538     - eliminated 'ciUpper' argument of mxPath()
539     - eliminated 'description' argument of mxPath()
540
541 * (dimnames) implemented dimnames(x) for MxMatrix objects
542     - implemented dimnames(x) <- value for MxMatrix objects
543     - implemented dimnames(x) for MxAlgebra objects
544     - implemented dimnames(x) <- value for MxAlgebra objects
545
546 * (mxMatrix) added 'dimnames' argument to mxMatrix()
547
548 * (mxData) renamed 'vector' argument of mxData() to 'means'