* improved error messages when passing strings into mxModel()
[openmx:proteins-proteins-openmx.git] / CHANGES
1 trunk
2 =====
3 * added mxOption() for "Analytic Gradients" with possible values "Yes"/"No"
4 * added 'cache' and 'cacheBack' arguments to mxEval()
5 * bugfix for interaction of matrix transpose and square bracket substitution
6 * added 'name=' argument to omxSetParameters()
7 * improved error messages when a free parameter has multiple lbounds/ubounds
8 * improved error messages when passing strings into mxModel()
9
10 Release 1.2.0-1926 (February 04, 2012)
11 ======================================
12 * new interface such that 'objective@info$expMean', 'objective@info$expCov'
13   and 'objective@info$likelihoods' are available in FIML or RAM objective functions.
14 * bug fix for omxSetParameters with lbound or ubound of NA.
15 * catching unknown matrix operator or function in mxAlgebra() or mxConstraint() declaration
16 * deprecated 'all' argument from mxPath function and replaced it with 'connect' argument. Also updated demos that used 'all' argument and documentation.
17 * removed 'excludeself' argument from mxPath() function
18 * added deprecation warning for argument 'all' = TRUE in mxPath()
19 * added support for OpenMP in hessian calculation
20 * added support for OpenMP in continuous FIML objective function
21 * added support for OpenMP in ordinal FIML objective function
22 * added support for OpenMP in joint ordinal/continuous FIML objective function
23 * added more descriptive error message to mxOption()
24 * serializing the sum operation on likelihoods - floating point addition is not associative
25
26 Release  1.1.2-1818 (October 24, 2011)
27 ======================================
28 * fixed bug in summary() function, see http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/1104
29 * fixed bug in independence model likelihood calculation for ML objective
30 * included support for gcc 4.5 and 4.6 under 32-bit x86
31
32 Release  1.1.1-1784 (September 11, 2011)
33 ========================================
34 * fixed several bugs in joint ordinal-continuous integration
35 * fixed several typos in User Guide
36
37 Release  1.1.0-1764 (August 22, 2011)
38 =====================================
39 * Joint and Ordinal documentation included and up to date.
40 * added deprecation warning for argument 'all'=TRUE in mxPath()
41 * added omxSelectRowsAndCols, omxSelectRows and omxSelectCols documentation
42 * fixed model flattening to keep track of confidence intervals in submodels
43 * added error checking for dimnames on MxMatrix and MxAlgebra objects
44 * reformated comments and heading style for all demos
45 * fixed segmentation fault on backend error condition
46 * turn off jiggling of free parameters with starting values of 0.0 when useOptimizer=FALSE
47 * allow non-RAM objective functions in RAM model
48 * change model type names to 'default' and 'RAM'
49 * no longer explicitly transforming RAM + raw data models into FIML models
50 * fixed bug in MxMatrix indexing operator
51 * added argument 'threshnames' to mxFIMLObjective() and mxRAMObjective()
52 * renaming majority of omx* functions to imx* functions. See http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/761
53 * added error checking to mxOption() function
54 * added "Optimality tolerance" to mxOption() selection
55 * added 'lbound' and 'ubound' columns to summary() output of free parameters
56 * added asterisks to the 'lbound' and 'ubound' columns when feasibility tolerance is met
57 * added "omxNot" function to the set of available mxAlgebra() function
58 * added "omxSelectRows", "omxSelectCols", and "omxSelectRowsAndCols" as mxAlgebra operators()
59 * added "mean" function to the set of available mxAlgebra() functions
60 * added slots "expCov" and "expMean" to the MxRAMObjective function
61 * added useOptimizer option to mxRun.
62 * added error checking in frontend and backend for non-positive-definite observed covariance matrices
63 * added "omxGreaterThan", "omxLessThan", "omxApproxEquals", "omxAnd", and "omxOr" operators to the set of mxAlgebra() operators
64 * error checking for model[[1]] or model[[TRUE]]
65 * error checking in the front-end whether more than 20 ordinal columns are present in a data set
66 * improved performance in the front-end in mxModel() for adding paths to RAM models
67 * print name of algebra when operator has too few or too many arguments
68 * added mxErrorPool() function and R documentation.
69 * added Apache license information to all R documentation files.
70 * new implementation of mxEval().
71 * new argument 'defvar.row' to mxEval().  See ?mxEval.
72 * handling definition variables for (I - A) ^ - 1 speedup
73 * handling square bracket labels for (I - A) ^ - 1 speedup
74 * added argument 'free' to omxGetParameters.  See ?omxGetParameters.
75 * added argument 'strict' to omxSetParameters.  See ?omxSetParameters.
76 * eliminated warnings for confidence interval optimization codes
77 * added "..." argument to mxRObjectiveFunction()
78 * fix memory leak in RAM objective function
79 * removed dependency to MBESS library in R documentation
80 * added more descriptive error message when thresholds are not sorted
81 * incorporated NaN unsafe matrix-matrix multiplication (dgemm) from R <= 2.11.1
82 * incorporated NaN unsafe matrix-vector multiplication (dgemv) from R <= 2.11.1
83 * return NA in mxVersion() if "OpenMx" cannot be found
84 * fix infinite loop in objective function transformations
85 * added initialization to load OpenMx on swift workers
86 * implemented omxParallelCI() to calculate confidence intervals in parallel
87 * only calculating CIs for upper triangle of symmetric matrices
88 * cleanup appearance of transient MxMatrix objects in error messages
89 * fix bug with very large number of omxUntitledName() objects
90 * added optional argument CPUS=n to "make test" target
91 * change snowfall interface to use sfClusterApplyLB()
92 * storing raw data in row-major order, and copying contiguous data rows
93 * fix bug in mxModel() when using remove = TRUE
94
95 Release 1.0.7-1706 (July 6, 2011)
96 =================================
97 * error checking in front-end for non-positive-definite observed covariance matrices
98 * fix bug in MxMatrix indexing operator
99 * added deprecation warning for argument 'all'=TRUE in mxPath()
100
101 Release 1.0.6-1581 (March 10, 2011)
102 ===================================
103 * Bug fix corner case in sorting data with definition variables
104
105 Release 1.0.5-1575 (March 8, 2011)
106 ==================================
107 * added error checking in ML objective to match expected covariance and observed covariance matrices
108 * updated BootstrapParallel.R demo to use mxData() instead of model@data
109 * added the dataset from the Psychometrika article (www.springerlink.com/content/dg37445107026711)
110
111 Release 1.0.4-1540 (January 16, 2011)
112 =====================================
113 * added initialization to load OpenMx on swift workers
114 * only calculating CIs for upper triangle on symmetric matrices
115 * fix bug with very large number of omxUntitledName() objects
116 * incorporated NaN unsafe matrix-vector multiplication (dgemv) from R <= 2.11.1
117 * fix bug in mxModel() when using remove = TRUE
118 * Added intervals to MxModel class documentation
119
120 Release 1.0.3-1505 (November 10, 2010)
121 ======================================
122 * return NA in mxVersion() if "OpenMx" cannot be found
123 * eliminate infinite loop in objective function transformations
124
125 Release 1.0.2-1497 (November 5, 2010)
126 =====================================
127 * missing <errno.h> include 
128 * fix memory leak in RAM objective function
129 * incorporated NaN unsafe matrix-matrix multiplication (dgemm) from R <= 2.11.1
130
131 Release 1.0.1-1464 (October 8, 2010)
132 ====================================
133 * bugfix for mxEval() and MxData objects
134 * handling definition variables for (I - A) ^ - 1 speedup
135 * handling square bracket labels for (I - A) ^ - 1 speedup
136 * added argument 'free' to omxGetParameters.  See ?omxGetParameters.
137 * added argument 'strict' to omxSetParameters.  See ?omxSetParameters.
138 * eliminated warnings for confidence interval optimization codes
139
140 Release 1.0.0-1448 (September 30, 2010)
141 =======================================
142 * added missing entries to demo 00INDEX file
143
144 Release 0.9.2-1446 (September 26, 2010)
145 =======================================
146 * added growth mixture models to user guide
147 * added initial Swift hook in omxLapply() - currenly activated only for mxRun calls
148 * fixed a bug in mxRename() when encountering symbol of missingness
149 * bugfix for crash when '*' is used instead of '%*%'
150 * feature removal: square brackets in MxMatrix labels now accept only literal values
151 * bugfix for definition variables used in mxRowObjective (which is still experimental)
152 * bugfix for (I - A) ^ -1 speedup with FIML optimization
153
154 Release 0.9.1-1421 (September 12, 2010)
155 =======================================
156 * fixed a bug in -2 LL calculation in RAM models with definition variables and raw data
157
158 Release 0.9.0-1417 (September 10, 2010)
159 =======================================
160 * improved error messages for non 1 x n means vectors in FIML and ML
161 * fixed a performance bug that was forcing too many recalculations of the covariance matrix in FIML optimizations.
162 * defualt behavior is to disable standard error calculations when model contains nonlinear constraints
163 * improved error messages for NA values in definition variables
164 * added error message when expected covariance dimnames and threshold dimnames do not contain the same elements.
165 * fixed a bug when mxRename() encounters a numeric or character literal.
166 * new chapters added to OpenMx user guide.
167 * fixed a bug in -2 log likelihood calculation with missing data
168
169 Release 0.5.2-1376 (August 29, 2010)
170 ====================================
171 * improved error messages when identical label is applied to free and fixed parameters
172 * added 'onlyFrontend' optional argument to mxRun() function.  See ?mxRun.
173 * disabling cbind() and rbind() transformations as they are broken.
174
175 Release 0.5.1-1366 (August 22, 2010)
176 ====================================
177 * added error detection when multiple names are specified in mxMatrix(), mxAlgebra(), etc.
178 * removed 'digits' argument from mxCompare.  Target behavior of argument was unclear.  See ?mxCompare
179 * more informative error messages for 'dimnames' argument of objective functions
180 * more informative error messages when constraints have wrong dimensions
181 * improved error detected for 'nrow' and 'ncol' arguments of mxMatrix() function
182 * fixed a bug in ordinal FIML objective functions with non-used continuous data
183
184 Release 0.5.0-1353 (August 08, 2010)
185 ====================================
186 * calculating cycle length of RAM objective functions
187 * bugfix: preserve rownames when converting data.frame columns to numeric values
188 * 'nrow' and 'ncol' arguments now supercede matrix dimensions in mxMatrix()
189 * add boolean argument 'vector' to mxRAMObjective() for returning the vector of likelihoods
190 * added demo(OneFactorModel_LikelihoodVector) as example of 'vector=TRUE' in RAM model
191 * cbind() and rbind() inside MxAlgebra expressions with all arguments as MxMatrix objects are themselves transformed into MxMatrix objects
192 * bugfix with square bracket substitution
193 * finishing implementing sorting of raw data in mxFIMLObjective()
194 * added 'RAM Optimization' and 'RAM Max Depth' to model options.  See ?mxOption
195 * added support for linux x86_64 with gcc 4.1.x
196
197 Release 0.4.1-1320 (June 12, 2010)
198 ==================================
199 * confidence interval optimizations now jitter if they can't get started
200 * added error checking for dimensions of expected means in ML + FIML objectives
201 * check for missing observed means when using (optional) expected means in ML
202 * added citation("OpenMx") information
203
204 Release 0.4.0-1313 (June 09, 2010)
205 ==================================
206 * fixed bug in calculation of confidence intervals around non-objective values
207 * checking for partial square bracket references on input
208 * fixed error reporting for non-positive-definite covariances in FIML
209 * implemented initial sorting-based speedup for FIML objectives
210 * added 'No Sort Data' to mxOptions()
211 * eliminated getOption('mxOptimizerOptions') and getOption('mxCheckpointOptions') 
212 * added getOption('mxOptions')
213 * error messages for illegal names provide function call information
214 * added 'estimates' column to confidence intervals in summary() of model
215 * fixed bug so checkpointing will work in R 2.9.x series
216 * fixed bug so mxRename() works on confidence interval specification
217 * renaming 'estimates' column of confidence interval summary output to 'estimate'
218
219 Release 0.3.3-1264 (May 24, 2010)
220 =================================
221 * confidence interval frontend was requesting nonexistent matrices
222 * omxNewMatrixFromMxMatrix() assumed input was always integer vector S-expression
223 * confidence intervals mislabeling free parameter names
224
225 Release 0.3.2-1263 (May 22, 2010)
226 =================================
227 * added 'newlabels' argument to omxSetParameters() function
228 * now throwing errors to the user when detected from the backend in mxRun()
229 * checkpointing mechanism implemented - mxRun(model, checkpoint = TRUE)
230 * never computing confidence intervals for matrix cells where free = FALSE (all bets are off on algebras)
231 * added mxOption(model, "CI Max Iterations", value) 
232 * added documentation for mxRestore() function
233 * default expected means vectors are no longer generated
234
235 Release 0.3.1-1246 (May 09, 2010)
236 =================================
237
238 * new arguments to mxRun() for checkpointing and socket communication (doesn't work yet)
239 * throw an error if FIML objective has thresholds but observed data is not a data.frame object.
240 * bugfix for R version 2.11.0 is detecting as.symbol("") character as missing function parameter
241 * mxFactor() function accepts data.frame objects
242 * added mxCI() function to calculate likelihood-based confidence intervals
243 * mxCompare() shows model information for base models
244 * added flag all=[TRUE|FALSE] to mxCompare() function
245 * 'SaturatedLikelihood' argument to summary() function will accept MxModel object
246
247 Release 0.3.0-1217 (Apr 20, 2010)
248 =================================
249
250 new features
251 ------------
252 * implemented new ordinal data interface http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/416#comment-1421 (except for 'means=0' component)
253 * added mxFactor() function (see ?mxFactor for help)
254 * added R documentation for rvectorize() and cvectorize()
255 * implemented eigenvalues and eigenvectors
256 * added 'numObs', 'numStats' arguments to mxAlgebraObjective()
257 * added 'numObs', 'numStats' arguments to summary()
258
259 changes to interface
260 --------------------
261 * mxConstraint("A", "=", "B") is now written as mxConstraint(A == B)
262 * renaming 'cov' argument to 'covariance' in omxMnor()
263 * renaming 'lbounds' argument to 'lbound' in omxMnor()
264 * renaming 'ubounds' argument to 'ubound' in omxMnor()
265 * renaming 'cov' argument to 'covariance' in omxAllInt()
266 * argument 'silent = TRUE' to mxRun() will no longer suppress warnings
267 * argument 'suppressWarnings = TRUE' to mxRun() will suppress warnings
268
269 bug fixes
270 ---------
271 * added error checking for mxBounds() with undefined parameter names
272 * improving error messages in mxMatrix() function
273 * fixed aliasing bug in mxAlgebra() with external variables and constant values
274
275 internal
276 --------
277 * added directory to repository for nightly tests ("make nightly")
278 * performance improvement to namespace conversion
279 * changing MxPath data structure from a list to an S4 object
280 * new signature for omxSetParameters(model, labels, free, values, lbound, ubound, indep)
281 * checked in implementation of mergesort
282 * changed mxCompare() signature to mxCompare(base, comparison, digits = 3)
283
284
285 Release 0.2.10-1172 (Mar 14, 2010)
286 ==================================
287 * bugfix for assigning default data name when default data does not exist
288 * bugfix for sharing/unsharing data to a three-level hierarchy
289 * bugfix for error reporting in bad matrix access, uncalculated std. errors, and poor omxAllint thresholds
290 * implemented rvectorize, cvectorize algebra functions: vectorize by row, and vectorize by column
291 * not allowing the following forbidden characters in names or labels: "+-!~?:\*/^%<>=&|$"
292 * added timestamp to summary() output
293 * reimplemented summary() function to handle unused data rows, and independent submodels
294 * reimplemented names(model), model$foo, and model$foo <- value to return all components of a model tree
295 * started work on an "OpenMx style guide" section to the User Guide.
296 * fix documentation + demo errors brought to our attention by dbishop
297
298 Release 0.2.9-1147 (Mar 04, 2010)
299 =================================
300 * bugfix for ordinal FIML with columns that are not threshold columns
301 * bugfix for detection of algebraic cycles when multiple objective functions are present
302 * test cases included for standard error calculation
303 * enabled standard error calculation by default
304
305 Release 0.2.8-1133 (Mar 02, 2010)
306 =================================
307 * bugfix for memory leak behavior in kronecker product calculation
308 * implemented kronecker exponentiation operator %^%.
309 * actually updating means calculations in ordinal FIML models
310 * removing standard errors from summary() until they are computed correctly
311
312 Release 0.2.7-1125 (Feb 28, 2010)
313 =================================
314 * added 'unsafe' argument to mxRun function.  See ?mxRun for more information.
315 * bugfix for filtering definition variable assignment to current data source.
316 * bugfix for using data.frame with integer type columns that are not factors.
317
318 Release 0.2.6-1114 (Feb 23, 2010)
319 =================================
320 * implemented omxAllInt, use ?omxAllInt for R help on this function
321 * implemented omxMnor, use ?omxMnor for R help on this function
322 * added option to calculate Hessian after optimization.  See ?mxOption for R help.
323 * added option to calculate standard errors after optimization.  See ?mxOption for R help.
324 * added R documentation for vech, vechs, vec2diag, and diag2vec
325 * performance improvements for independent submodels
326 * added 'silent=FALSE' argument to mxRun() function
327 * added R documentation for omxApply(), omxSapply(), and omxLapply()
328 * wrote mxRename() and added R documentation for function
329 * added 'indep' argument to summary() to ignore independent submodels (see ?summary)
330 * added 'independentTime' to summary() output. Wall clock time for independent submodels.
331 * added 'wallTime' and 'cpuTime' to summary() output. Total wall clock time and total cpu time.
332 * implemented ':' operator for MxAlgebra expressions. 1:5 returns the vector [1,2,3,4,5]
333 * implemented subranges for '[' operator in MxAlgebra expressions. foo[1:5,] is valid inside algebra.
334 * added omxGetParameters, omxSetParameters, omxAssignFirstParameters.  Use ? for documentation.
335 * renamed all objective function generic functions from omxObj* to genericObj*
336 * enumerated OpenMx and NPSOL options in ?mxOption documentation
337 * implemented foo[x,y] and foo[x,y] <- z for MxMatrix objects
338
339
340 Release 0.2.5-1050 (Jan 22, 2010)
341 =================================
342 * added 'mxVersion' slot to output of summary() function.
343 * added documentation of summary() function.
344 * set default function precision for ordinal FIML evaluation to "1e-9"
345 * not throwing an error on mxMatrix('Full', 3, 3, labels = c(NA, NA, NA))
346 * applying identical error checking to single thresholds matrix and single thresholds algebra
347 * implemented generic method names() for MxModel objects.
348 * implemented vec2diag() and diag2vec() matrix algebra functions.
349
350 Release 0.2.4-1038 (Jan 15, 2010)
351 =================================
352 * definition variables can now be used inside algebra expressions
353 * definition variables inside of MxMatrices will populate to the 1st row before conformability checking. In plain english: you do not need to specify the starting values for definition variables.
354 * the square-bracket operator when used in MxMatrix labels is no longer restricted to constants for the row and column.  The row and column arguments will accept any term that evaluates to a scalar value or a (1 x 1) matrix.
355 * summary() on a model returns a S3 object.  Behaves like summary() in stats package.
356 * eliminated UnusualLabels.R test case.  Too many problems with windows versus OS X versus linux.
357 * implemented vech() and vechs() functions: half-vectorization and strict half-vectorization
358 * fixed bug in ordinal FIML when # of data columns > # of thresholds
359 * added 'frontendTime' and 'backendTime' values to summary() output. They store the elapsed time of a model in the R front-end and C back-end, respectively.
360 * created a name space for the OpenMx library. Only mx**() and omx**() functions should be exported to the user, plus several miscellaneous matrix functions and S4 generic functions.
361 * corrected 'observedStatistics' output of summary() to exclude definition variables
362 * corrected 'observedStatistics' output of summary() count the number of equality constraints
363
364 Release 0.2.3-1006 (Dec 04, 2009)
365 =================================
366 * added 'vector' argument to mxFIMLObjective() function. Specifies whether to return the likelihood vector (if TRUE) or the sum of log likelihoods (if FALSE). Default value is FALSE.
367 * renamed omxCheckEquals() to omxCheckIdentical(). omxCheckIdentical() call "identical" so that NAs can be compared.
368 * added checking of column names of F and M matrices in RAM objective functions.
369 * added 'dimnames' argument to mxRAMObjective() function. Populates the column names of F and M matrices.
370 * added square bracket operator to MxAlgebra expressions.  A[x,y] or A[,y] or A[x,] or A[,] are valid.
371 * square bracket operator supports row and column string arguments.
372 * mxModel(remove=TRUE) accepts both character names or S4 named entities.
373 * added support for x86_64 on OS X 10.6 (snow leopard)
374 * fixed support for x86_64 on Ubuntu 9.10 (gcc 4.4)
375 * throw error message when inserting a named entity into a model with an identical name
376 * added Anthony William Fairbank Edwards "Likelihood" (1972; 1984) A, B, O blood group example to online documentation
377
378 Release 0.2.2-951 (Oct 29, 2009)
379 ================================
380 * omxGraphviz() either prints to stdout or to a filename
381 * updated omxGraphviz() to draw an arrow if (value != 0 || free == TRUE || !is.na(label))
382 * omxGraphviz() returns a character string invisibly
383 * error checking for bogus definition variables
384 * summary() uses matrix dimnames by default, use options('mxShowDimnames'=FALSE) to disable
385 * added support for gcc 4.4 (Ubuntu 9.10) on x86 and x86_64 architectures
386 * created R documention for omxGraphviz() function
387 * generalized dependency specification for objective functions (omxObjDependencies)
388 * fixed cross-reference links in User Guide
389
390 Release 0.2.1-922 (Oct 10, 2009)
391 ================================
392 * checked observed data for dimnames on ML objective functions
393 * using dimnames= argument to mxMLObjective() and mxFIMLObjective()
394   propagates to MxMatrix objects on output.
395 * bug fix for error message where model name is incorrect
396 * updated user guide in response to feedback from beta testers
397 * incremented version number to 0.2.1-922 to sync demos and user guide
398
399 Release 0.2.0-905 (Oct 06, 2009)
400 ================================
401 * several of the twin model demo examples have been recoded.
402 * fixed bug with non-floating point matrices.
403 * more error checking for mxPath().
404 * tools/mxAlgebraParser.py will convert Mx 1.0 algebra expressions (Python PLY library is required).
405 * renamed "parameter estimate" column to "Estimate" and "error estimate" to "Std.Error" in summary().
406 * added 'dimnames' argument to mxFIMLObjective() and mxMLObjective().
407 * error checking for RAM models with non-RAM objective functions.
408
409 Release 0.1.5-851 (Sep 25, 2009)
410 ================================
411 * improved error messages on unknown identifier in a model (beta tester issue)
412 * fixed bug in mxMatrix() when values argument is matrix and byrow=TRUE
413 * implemented square-bracket substitution for MxMatrix labels
414 * fixed a bug in computation of omxFIMLObjective within an algebra when definition variables are used
415 * significant alterations to back-end debugging flags
416 * tweaked memory handling in back-end matrix copying
417 * added support for x86_64 linux with gcc 4.2 and 4.3
418
419 Release 0.1.4-827 (Sep 18, 2009)
420 ================================
421 * added checking and type coercion to arguments of mxPath() function (a beta tester alerted us to this)
422 * moved matrices into submodels in UnivariateTwinAnalysis_MatrixRaw demo
423 * added Beginners Guide to online documentation
424 * mxRun() issues an error when the back-end reports a negative status code
425 * named entities and free or fixed parameter names cannot be numeric values
426 * constant literals are allowed inside mxAlgebra() statements, e.g. mxAlgebra(1 + 2 + 3)
427 * constant literals can be of the form 1.234E+56 or 1.234e+56.
428 * type checking added to mxMatrix arguments (prompted by a forum post)
429 * mxPath() issues an error if any of the arguments are longer than the number of paths to be generated
430 * data frames are now accepted at the back-end
431 * FIML ordinal objective function is now working. Still a bit slow and inelegant, but working
432 * FIML ordinal now accepts algebras and matrices. dimnames of columns must match data elements
433 * implemented free parameter and fixed parameter substitution in mxAlgebra statements
434 * implemented global variable substitution in mxAlgebra statements
435 * turned off matrix and algebra substitution until a new proposal is decided
436 * snow and snowfall are no longer required packages
437 * added cycle detection to algebra expressions
438 * mxEval() with compute = TRUE will assign dimnames to algebras
439 * added dimnames checking of algebras in the front-end before optimization is called
440 * added 'make rproftest' target to makefile
441
442 Release 0.1.3-776 (Aug 28, 2009)
443 ================================
444 * mxEvaluate() was renamed to mxEval() after input from beta testers on the forums.
445 * new function mxVersion that prints out the current version number (beta tester request).
446 * When printing OpenMx objects, the @ sign is used where it is needed if you would want to print part of the object (beta tester request).
447 * now supports PPC macs.
448 * implemented AIC, BIC and RMSEA calculations.
449 * mxMatrix documentation now talks about lower triangular matrices (beta tester request).
450 * fixed bugs in a number of demo scripts.
451 * added chi-square and p-value patch from beta tester Michael Scharkow.
452 * added comments to demo scripts.
453 * fixed a bug in the quadratic operator  (a beta tester alerted us to this).
454 * means vectors are now always 1xn matrices (beta tester request).
455 * added an option "compute" to mxEval() to precompute matrix expressions without going to the optimizer.
456 * Matrix algebra conformability is now tested in R at the beginning of each mxRun().
457 * named entities (i.e. mxMatrices, mxAlgebras, etc.) can no longer have the same name as the label of a free parameter.  (This seems obscure, but you will like what we do with it in the next version!)
458 * can use options(mxByrow=TRUE) in the R global options if you always read your matrices in with the byrow=TRUE argument.  Saves some typing.  (beta tester request)
459 * fixed the standard error estimates summary.
460 * added mxVersion() function to return the version number (as a string).
461
462 Release 0.1.2-708 (Aug 14, 2009)
463 ================================
464 * Added R help documentation for omxCheckCloseEnough(), omxCheckWithinPercentError(), 
465         omxCheckTrue(), omxCheckEquals(), and omxCheckSetEquals()
466
467 * (mxMatrix) Fixed a bug in construction of symmetric matrixes.
468     - now supports lower, standardized, and subdiagonal matrices.
469
470 Release 0.1 (Aug 03, 2009)
471 ==========================
472 * (mxEvaluate) mxEvaluate translates MxMatrix references, MxAlgebra references,  MxObjectiveFunction references, and label references.
473
474 * (mxOptions) added 'reset' argument to mxOptions()
475
476 * (mxPath) renamed 'start' argument of mxPath() to 'values'
477     - renamed 'name' argument of mxPath() to 'labels'
478     - renamed 'boundMin' argument of mxPath() to 'lbound'
479     - renamed 'boundMax' argument of mxPath() to 'ubound'
480     - eliminated 'ciLower' argument of mxPath()
481     - eliminated 'ciUpper' argument of mxPath()
482     - eliminated 'description' argument of mxPath()
483
484 * (dimnames) implemented dimnames(x) for MxMatrix objects
485     - implemented dimnames(x) <- value for MxMatrix objects
486     - implemented dimnames(x) for MxAlgebra objects
487     - implemented dimnames(x) <- value for MxAlgebra objects
488
489 * (mxMatrix) added 'dimnames' argument to mxMatrix()
490
491 * (mxData) renamed 'vector' argument of mxData() to 'means'