rewrite the processsing of objective functions in the frontend
[openmx:proteins-proteins-openmx.git] / CHANGES
1 trunk
2 =====
3 * fixed a bug that manifests in confidence intervals with definition variables
4   (see http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/1505)
5 * performance improvements in mxModel() when building RAM models
6 * performance improvements in mxRun() frontend for large matrices
7 * rewrite on the processing of objective functions in the frontend
8
9 Beta Release 999.0.0-2126 (August 03, 2012)
10 ===========================================
11 * added mxOption() for "Analytic Gradients" with possible values "Yes"/"No"
12 * added 'cache' and 'cacheBack' arguments to mxEval()
13 * added omxLocateParameters() function (see ?omxLocateParameters)
14 * type='RAM' allowing 'manifestVars' argument to appear in a different order
15   than in the observed covariance matrix.
16 * bug fix in the identification of NA definition variables
17 * the configuration mxRun(model, checkpoint = TRUE) writes a line
18   in the checkpoint file at the conclusion of model optimization.
19 * added "Always Checkpoint" to mxOptions() with values "Yes" or "No"
20 * header for the checkpoint file will identify anonymous 
21   free parameters with the string modelName.matrixName[row,col]
22 * omxGetParameters() and omxSetParameters() support anonymous
23   free parameters
24 * bugfix to omxRAMtoML() when input model has covariance data
25 * implemented cov2cor in the OpenMx backend
26 * mxOption "Major iterations" accepts either a value or a function
27 * now tracking the MxAlgebra and MxMatrix objects that need to be updated
28   when populating free parameters or updating definition variables.
29
30 Release 1.2.4-2063 (May 22, 2012)
31 =================================
32 * added argument "name" to omxSetParameters()
33 * error checking for 0-length arguments to mxPath()
34 * fixing several memory leaks
35
36 Release 1.2.3-2011 (April 10, 2012)
37 ===================================
38 * bugfix when (I-A)^-1 speedup is disabled
39 * bugfix in mxAlgebra() detection of missing operator or function
40 * bugfix in joint FIML when: 1) there are no definition variables, 
41   2) the first (sorted) row with a new number of ordinal variables, and 
42   3) has all continuous variables missing
43
44 Release 1.2.2-1986 (March 22, 2012)
45 ===================================
46 * setting default value for mxOption("UsePPML") to "No" until
47   the feature is adequately tested. Added test enforcing default
48   value to test suite.
49
50 Release 1.2.1-1979 (March 21, 2012)
51 ===================================
52 * bug fix for interaction of matrix transpose and square bracket substitutions
53 * renaming mxLISRELObjective() to imxLISRELObjective(), LISREL objective function is not yet implementated.
54 * improved error messages when a free parameter has multiple lbounds/ubounds
55 * improved error messages when passing strings into mxModel()
56 * improved error messages in mxEval()
57
58 Release 1.2.0-1926 (February 04, 2012)
59 ======================================
60 * new interface such that 'objective@info$expMean', 'objective@info$expCov'
61   and 'objective@info$likelihoods' are available in FIML or RAM objective functions.
62 * bug fix for omxSetParameters with lbound or ubound of NA.
63 * catching unknown matrix operator or function in mxAlgebra() or mxConstraint() declaration
64 * deprecated 'all' argument from mxPath function and replaced it with 'connect' argument. Also updated demos that used 'all' argument and documentation.
65 * removed 'excludeself' argument from mxPath() function
66 * added deprecation warning for argument 'all' = TRUE in mxPath()
67 * added support for OpenMP in hessian calculation
68 * added support for OpenMP in continuous FIML objective function
69 * added support for OpenMP in ordinal FIML objective function
70 * added support for OpenMP in joint ordinal/continuous FIML objective function
71 * added more descriptive error message to mxOption()
72 * serializing the sum operation on likelihoods - floating point addition is not associative
73
74 Release  1.1.2-1818 (October 24, 2011)
75 ======================================
76 * fixed bug in summary() function, see http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/1104
77 * fixed bug in independence model likelihood calculation for ML objective
78 * included support for gcc 4.5 and 4.6 under 32-bit x86
79
80 Release  1.1.1-1784 (September 11, 2011)
81 ========================================
82 * fixed several bugs in joint ordinal-continuous integration
83 * fixed several typos in User Guide
84
85 Release  1.1.0-1764 (August 22, 2011)
86 =====================================
87 * Joint and Ordinal documentation included and up to date.
88 * added deprecation warning for argument 'all'=TRUE in mxPath()
89 * added omxSelectRowsAndCols, omxSelectRows and omxSelectCols documentation
90 * fixed model flattening to keep track of confidence intervals in submodels
91 * added error checking for dimnames on MxMatrix and MxAlgebra objects
92 * reformated comments and heading style for all demos
93 * fixed segmentation fault on backend error condition
94 * turn off jiggling of free parameters with starting values of 0.0 when useOptimizer=FALSE
95 * allow non-RAM objective functions in RAM model
96 * change model type names to 'default' and 'RAM'
97 * no longer explicitly transforming RAM + raw data models into FIML models
98 * fixed bug in MxMatrix indexing operator
99 * added argument 'threshnames' to mxFIMLObjective() and mxRAMObjective()
100 * renaming majority of omx* functions to imx* functions. See http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/761
101 * added error checking to mxOption() function
102 * added "Optimality tolerance" to mxOption() selection
103 * added 'lbound' and 'ubound' columns to summary() output of free parameters
104 * added asterisks to the 'lbound' and 'ubound' columns when feasibility tolerance is met
105 * added "omxNot" function to the set of available mxAlgebra() function
106 * added "omxSelectRows", "omxSelectCols", and "omxSelectRowsAndCols" as mxAlgebra operators()
107 * added "mean" function to the set of available mxAlgebra() functions
108 * added slots "expCov" and "expMean" to the MxRAMObjective function
109 * added useOptimizer option to mxRun.
110 * added error checking in frontend and backend for non-positive-definite observed covariance matrices
111 * added "omxGreaterThan", "omxLessThan", "omxApproxEquals", "omxAnd", and "omxOr" operators to the set of mxAlgebra() operators
112 * error checking for model[[1]] or model[[TRUE]]
113 * error checking in the front-end whether more than 20 ordinal columns are present in a data set
114 * improved performance in the front-end in mxModel() for adding paths to RAM models
115 * print name of algebra when operator has too few or too many arguments
116 * added mxErrorPool() function and R documentation.
117 * added Apache license information to all R documentation files.
118 * new implementation of mxEval().
119 * new argument 'defvar.row' to mxEval().  See ?mxEval.
120 * handling definition variables for (I - A) ^ - 1 speedup
121 * handling square bracket labels for (I - A) ^ - 1 speedup
122 * added argument 'free' to omxGetParameters.  See ?omxGetParameters.
123 * added argument 'strict' to omxSetParameters.  See ?omxSetParameters.
124 * eliminated warnings for confidence interval optimization codes
125 * added "..." argument to mxRObjectiveFunction()
126 * fix memory leak in RAM objective function
127 * removed dependency to MBESS library in R documentation
128 * added more descriptive error message when thresholds are not sorted
129 * incorporated NaN unsafe matrix-matrix multiplication (dgemm) from R <= 2.11.1
130 * incorporated NaN unsafe matrix-vector multiplication (dgemv) from R <= 2.11.1
131 * return NA in mxVersion() if "OpenMx" cannot be found
132 * fix infinite loop in objective function transformations
133 * added initialization to load OpenMx on swift workers
134 * implemented omxParallelCI() to calculate confidence intervals in parallel
135 * only calculating CIs for upper triangle of symmetric matrices
136 * cleanup appearance of transient MxMatrix objects in error messages
137 * fix bug with very large number of omxUntitledName() objects
138 * added optional argument CPUS=n to "make test" target
139 * change snowfall interface to use sfClusterApplyLB()
140 * storing raw data in row-major order, and copying contiguous data rows
141 * fix bug in mxModel() when using remove = TRUE
142
143 Release 1.0.7-1706 (July 6, 2011)
144 =================================
145 * error checking in front-end for non-positive-definite observed covariance matrices
146 * fix bug in MxMatrix indexing operator
147 * added deprecation warning for argument 'all'=TRUE in mxPath()
148
149 Release 1.0.6-1581 (March 10, 2011)
150 ===================================
151 * Bug fix corner case in sorting data with definition variables
152
153 Release 1.0.5-1575 (March 8, 2011)
154 ==================================
155 * added error checking in ML objective to match expected covariance and observed covariance matrices
156 * updated BootstrapParallel.R demo to use mxData() instead of model@data
157 * added the dataset from the Psychometrika article (www.springerlink.com/content/dg37445107026711)
158
159 Release 1.0.4-1540 (January 16, 2011)
160 =====================================
161 * added initialization to load OpenMx on swift workers
162 * only calculating CIs for upper triangle on symmetric matrices
163 * fix bug with very large number of omxUntitledName() objects
164 * incorporated NaN unsafe matrix-vector multiplication (dgemv) from R <= 2.11.1
165 * fix bug in mxModel() when using remove = TRUE
166 * Added intervals to MxModel class documentation
167
168 Release 1.0.3-1505 (November 10, 2010)
169 ======================================
170 * return NA in mxVersion() if "OpenMx" cannot be found
171 * eliminate infinite loop in objective function transformations
172
173 Release 1.0.2-1497 (November 5, 2010)
174 =====================================
175 * missing <errno.h> include 
176 * fix memory leak in RAM objective function
177 * incorporated NaN unsafe matrix-matrix multiplication (dgemm) from R <= 2.11.1
178
179 Release 1.0.1-1464 (October 8, 2010)
180 ====================================
181 * bugfix for mxEval() and MxData objects
182 * handling definition variables for (I - A) ^ - 1 speedup
183 * handling square bracket labels for (I - A) ^ - 1 speedup
184 * added argument 'free' to omxGetParameters.  See ?omxGetParameters.
185 * added argument 'strict' to omxSetParameters.  See ?omxSetParameters.
186 * eliminated warnings for confidence interval optimization codes
187
188 Release 1.0.0-1448 (September 30, 2010)
189 =======================================
190 * added missing entries to demo 00INDEX file
191
192 Release 0.9.2-1446 (September 26, 2010)
193 =======================================
194 * added growth mixture models to user guide
195 * added initial Swift hook in omxLapply() - currenly activated only for mxRun calls
196 * fixed a bug in mxRename() when encountering symbol of missingness
197 * bugfix for crash when '*' is used instead of '%*%'
198 * feature removal: square brackets in MxMatrix labels now accept only literal values
199 * bugfix for definition variables used in mxRowObjective (which is still experimental)
200 * bugfix for (I - A) ^ -1 speedup with FIML optimization
201
202 Release 0.9.1-1421 (September 12, 2010)
203 =======================================
204 * fixed a bug in -2 LL calculation in RAM models with definition variables and raw data
205
206 Release 0.9.0-1417 (September 10, 2010)
207 =======================================
208 * improved error messages for non 1 x n means vectors in FIML and ML
209 * fixed a performance bug that was forcing too many recalculations of the covariance matrix in FIML optimizations.
210 * defualt behavior is to disable standard error calculations when model contains nonlinear constraints
211 * improved error messages for NA values in definition variables
212 * added error message when expected covariance dimnames and threshold dimnames do not contain the same elements.
213 * fixed a bug when mxRename() encounters a numeric or character literal.
214 * new chapters added to OpenMx user guide.
215 * fixed a bug in -2 log likelihood calculation with missing data
216
217 Release 0.5.2-1376 (August 29, 2010)
218 ====================================
219 * improved error messages when identical label is applied to free and fixed parameters
220 * added 'onlyFrontend' optional argument to mxRun() function.  See ?mxRun.
221 * disabling cbind() and rbind() transformations as they are broken.
222
223 Release 0.5.1-1366 (August 22, 2010)
224 ====================================
225 * added error detection when multiple names are specified in mxMatrix(), mxAlgebra(), etc.
226 * removed 'digits' argument from mxCompare.  Target behavior of argument was unclear.  See ?mxCompare
227 * more informative error messages for 'dimnames' argument of objective functions
228 * more informative error messages when constraints have wrong dimensions
229 * improved error detected for 'nrow' and 'ncol' arguments of mxMatrix() function
230 * fixed a bug in ordinal FIML objective functions with non-used continuous data
231
232 Release 0.5.0-1353 (August 08, 2010)
233 ====================================
234 * calculating cycle length of RAM objective functions
235 * bugfix: preserve rownames when converting data.frame columns to numeric values
236 * 'nrow' and 'ncol' arguments now supercede matrix dimensions in mxMatrix()
237 * add boolean argument 'vector' to mxRAMObjective() for returning the vector of likelihoods
238 * added demo(OneFactorModel_LikelihoodVector) as example of 'vector=TRUE' in RAM model
239 * cbind() and rbind() inside MxAlgebra expressions with all arguments as MxMatrix objects are themselves transformed into MxMatrix objects
240 * bugfix with square bracket substitution
241 * finishing implementing sorting of raw data in mxFIMLObjective()
242 * added 'RAM Optimization' and 'RAM Max Depth' to model options.  See ?mxOption
243 * added support for linux x86_64 with gcc 4.1.x
244
245 Release 0.4.1-1320 (June 12, 2010)
246 ==================================
247 * confidence interval optimizations now jitter if they can't get started
248 * added error checking for dimensions of expected means in ML + FIML objectives
249 * check for missing observed means when using (optional) expected means in ML
250 * added citation("OpenMx") information
251
252 Release 0.4.0-1313 (June 09, 2010)
253 ==================================
254 * fixed bug in calculation of confidence intervals around non-objective values
255 * checking for partial square bracket references on input
256 * fixed error reporting for non-positive-definite covariances in FIML
257 * implemented initial sorting-based speedup for FIML objectives
258 * added 'No Sort Data' to mxOptions()
259 * eliminated getOption('mxOptimizerOptions') and getOption('mxCheckpointOptions') 
260 * added getOption('mxOptions')
261 * error messages for illegal names provide function call information
262 * added 'estimates' column to confidence intervals in summary() of model
263 * fixed bug so checkpointing will work in R 2.9.x series
264 * fixed bug so mxRename() works on confidence interval specification
265 * renaming 'estimates' column of confidence interval summary output to 'estimate'
266
267 Release 0.3.3-1264 (May 24, 2010)
268 =================================
269 * confidence interval frontend was requesting nonexistent matrices
270 * omxNewMatrixFromMxMatrix() assumed input was always integer vector S-expression
271 * confidence intervals mislabeling free parameter names
272
273 Release 0.3.2-1263 (May 22, 2010)
274 =================================
275 * added 'newlabels' argument to omxSetParameters() function
276 * now throwing errors to the user when detected from the backend in mxRun()
277 * checkpointing mechanism implemented - mxRun(model, checkpoint = TRUE)
278 * never computing confidence intervals for matrix cells where free = FALSE (all bets are off on algebras)
279 * added mxOption(model, "CI Max Iterations", value) 
280 * added documentation for mxRestore() function
281 * default expected means vectors are no longer generated
282
283 Release 0.3.1-1246 (May 09, 2010)
284 =================================
285
286 * new arguments to mxRun() for checkpointing and socket communication (doesn't work yet)
287 * throw an error if FIML objective has thresholds but observed data is not a data.frame object.
288 * bugfix for R version 2.11.0 is detecting as.symbol("") character as missing function parameter
289 * mxFactor() function accepts data.frame objects
290 * added mxCI() function to calculate likelihood-based confidence intervals
291 * mxCompare() shows model information for base models
292 * added flag all=[TRUE|FALSE] to mxCompare() function
293 * 'SaturatedLikelihood' argument to summary() function will accept MxModel object
294
295 Release 0.3.0-1217 (Apr 20, 2010)
296 =================================
297
298 new features
299 ------------
300 * implemented new ordinal data interface http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/416#comment-1421 (except for 'means=0' component)
301 * added mxFactor() function (see ?mxFactor for help)
302 * added R documentation for rvectorize() and cvectorize()
303 * implemented eigenvalues and eigenvectors
304 * added 'numObs', 'numStats' arguments to mxAlgebraObjective()
305 * added 'numObs', 'numStats' arguments to summary()
306
307 changes to interface
308 --------------------
309 * mxConstraint("A", "=", "B") is now written as mxConstraint(A == B)
310 * renaming 'cov' argument to 'covariance' in omxMnor()
311 * renaming 'lbounds' argument to 'lbound' in omxMnor()
312 * renaming 'ubounds' argument to 'ubound' in omxMnor()
313 * renaming 'cov' argument to 'covariance' in omxAllInt()
314 * argument 'silent = TRUE' to mxRun() will no longer suppress warnings
315 * argument 'suppressWarnings = TRUE' to mxRun() will suppress warnings
316
317 bug fixes
318 ---------
319 * added error checking for mxBounds() with undefined parameter names
320 * improving error messages in mxMatrix() function
321 * fixed aliasing bug in mxAlgebra() with external variables and constant values
322
323 internal
324 --------
325 * added directory to repository for nightly tests ("make nightly")
326 * performance improvement to namespace conversion
327 * changing MxPath data structure from a list to an S4 object
328 * new signature for omxSetParameters(model, labels, free, values, lbound, ubound, indep)
329 * checked in implementation of mergesort
330 * changed mxCompare() signature to mxCompare(base, comparison, digits = 3)
331
332
333 Release 0.2.10-1172 (Mar 14, 2010)
334 ==================================
335 * bugfix for assigning default data name when default data does not exist
336 * bugfix for sharing/unsharing data to a three-level hierarchy
337 * bugfix for error reporting in bad matrix access, uncalculated std. errors, and poor omxAllint thresholds
338 * implemented rvectorize, cvectorize algebra functions: vectorize by row, and vectorize by column
339 * not allowing the following forbidden characters in names or labels: "+-!~?:\*/^%<>=&|$"
340 * added timestamp to summary() output
341 * reimplemented summary() function to handle unused data rows, and independent submodels
342 * reimplemented names(model), model$foo, and model$foo <- value to return all components of a model tree
343 * started work on an "OpenMx style guide" section to the User Guide.
344 * fix documentation + demo errors brought to our attention by dbishop
345
346 Release 0.2.9-1147 (Mar 04, 2010)
347 =================================
348 * bugfix for ordinal FIML with columns that are not threshold columns
349 * bugfix for detection of algebraic cycles when multiple objective functions are present
350 * test cases included for standard error calculation
351 * enabled standard error calculation by default
352
353 Release 0.2.8-1133 (Mar 02, 2010)
354 =================================
355 * bugfix for memory leak behavior in kronecker product calculation
356 * implemented kronecker exponentiation operator %^%.
357 * actually updating means calculations in ordinal FIML models
358 * removing standard errors from summary() until they are computed correctly
359
360 Release 0.2.7-1125 (Feb 28, 2010)
361 =================================
362 * added 'unsafe' argument to mxRun function.  See ?mxRun for more information.
363 * bugfix for filtering definition variable assignment to current data source.
364 * bugfix for using data.frame with integer type columns that are not factors.
365
366 Release 0.2.6-1114 (Feb 23, 2010)
367 =================================
368 * implemented omxAllInt, use ?omxAllInt for R help on this function
369 * implemented omxMnor, use ?omxMnor for R help on this function
370 * added option to calculate Hessian after optimization.  See ?mxOption for R help.
371 * added option to calculate standard errors after optimization.  See ?mxOption for R help.
372 * added R documentation for vech, vechs, vec2diag, and diag2vec
373 * performance improvements for independent submodels
374 * added 'silent=FALSE' argument to mxRun() function
375 * added R documentation for omxApply(), omxSapply(), and omxLapply()
376 * wrote mxRename() and added R documentation for function
377 * added 'indep' argument to summary() to ignore independent submodels (see ?summary)
378 * added 'independentTime' to summary() output. Wall clock time for independent submodels.
379 * added 'wallTime' and 'cpuTime' to summary() output. Total wall clock time and total cpu time.
380 * implemented ':' operator for MxAlgebra expressions. 1:5 returns the vector [1,2,3,4,5]
381 * implemented subranges for '[' operator in MxAlgebra expressions. foo[1:5,] is valid inside algebra.
382 * added omxGetParameters, omxSetParameters, omxAssignFirstParameters.  Use ? for documentation.
383 * renamed all objective function generic functions from omxObj* to genericObj*
384 * enumerated OpenMx and NPSOL options in ?mxOption documentation
385 * implemented foo[x,y] and foo[x,y] <- z for MxMatrix objects
386
387
388 Release 0.2.5-1050 (Jan 22, 2010)
389 =================================
390 * added 'mxVersion' slot to output of summary() function.
391 * added documentation of summary() function.
392 * set default function precision for ordinal FIML evaluation to "1e-9"
393 * not throwing an error on mxMatrix('Full', 3, 3, labels = c(NA, NA, NA))
394 * applying identical error checking to single thresholds matrix and single thresholds algebra
395 * implemented generic method names() for MxModel objects.
396 * implemented vec2diag() and diag2vec() matrix algebra functions.
397
398 Release 0.2.4-1038 (Jan 15, 2010)
399 =================================
400 * definition variables can now be used inside algebra expressions
401 * definition variables inside of MxMatrices will populate to the 1st row before conformability checking. In plain english: you do not need to specify the starting values for definition variables.
402 * the square-bracket operator when used in MxMatrix labels is no longer restricted to constants for the row and column.  The row and column arguments will accept any term that evaluates to a scalar value or a (1 x 1) matrix.
403 * summary() on a model returns a S3 object.  Behaves like summary() in stats package.
404 * eliminated UnusualLabels.R test case.  Too many problems with windows versus OS X versus linux.
405 * implemented vech() and vechs() functions: half-vectorization and strict half-vectorization
406 * fixed bug in ordinal FIML when # of data columns > # of thresholds
407 * added 'frontendTime' and 'backendTime' values to summary() output. They store the elapsed time of a model in the R front-end and C back-end, respectively.
408 * created a name space for the OpenMx library. Only mx**() and omx**() functions should be exported to the user, plus several miscellaneous matrix functions and S4 generic functions.
409 * corrected 'observedStatistics' output of summary() to exclude definition variables
410 * corrected 'observedStatistics' output of summary() count the number of equality constraints
411
412 Release 0.2.3-1006 (Dec 04, 2009)
413 =================================
414 * added 'vector' argument to mxFIMLObjective() function. Specifies whether to return the likelihood vector (if TRUE) or the sum of log likelihoods (if FALSE). Default value is FALSE.
415 * renamed omxCheckEquals() to omxCheckIdentical(). omxCheckIdentical() call "identical" so that NAs can be compared.
416 * added checking of column names of F and M matrices in RAM objective functions.
417 * added 'dimnames' argument to mxRAMObjective() function. Populates the column names of F and M matrices.
418 * added square bracket operator to MxAlgebra expressions.  A[x,y] or A[,y] or A[x,] or A[,] are valid.
419 * square bracket operator supports row and column string arguments.
420 * mxModel(remove=TRUE) accepts both character names or S4 named entities.
421 * added support for x86_64 on OS X 10.6 (snow leopard)
422 * fixed support for x86_64 on Ubuntu 9.10 (gcc 4.4)
423 * throw error message when inserting a named entity into a model with an identical name
424 * added Anthony William Fairbank Edwards "Likelihood" (1972; 1984) A, B, O blood group example to online documentation
425
426 Release 0.2.2-951 (Oct 29, 2009)
427 ================================
428 * omxGraphviz() either prints to stdout or to a filename
429 * updated omxGraphviz() to draw an arrow if (value != 0 || free == TRUE || !is.na(label))
430 * omxGraphviz() returns a character string invisibly
431 * error checking for bogus definition variables
432 * summary() uses matrix dimnames by default, use options('mxShowDimnames'=FALSE) to disable
433 * added support for gcc 4.4 (Ubuntu 9.10) on x86 and x86_64 architectures
434 * created R documention for omxGraphviz() function
435 * generalized dependency specification for objective functions (omxObjDependencies)
436 * fixed cross-reference links in User Guide
437
438 Release 0.2.1-922 (Oct 10, 2009)
439 ================================
440 * checked observed data for dimnames on ML objective functions
441 * using dimnames= argument to mxMLObjective() and mxFIMLObjective()
442   propagates to MxMatrix objects on output.
443 * bug fix for error message where model name is incorrect
444 * updated user guide in response to feedback from beta testers
445 * incremented version number to 0.2.1-922 to sync demos and user guide
446
447 Release 0.2.0-905 (Oct 06, 2009)
448 ================================
449 * several of the twin model demo examples have been recoded.
450 * fixed bug with non-floating point matrices.
451 * more error checking for mxPath().
452 * tools/mxAlgebraParser.py will convert Mx 1.0 algebra expressions (Python PLY library is required).
453 * renamed "parameter estimate" column to "Estimate" and "error estimate" to "Std.Error" in summary().
454 * added 'dimnames' argument to mxFIMLObjective() and mxMLObjective().
455 * error checking for RAM models with non-RAM objective functions.
456
457 Release 0.1.5-851 (Sep 25, 2009)
458 ================================
459 * improved error messages on unknown identifier in a model (beta tester issue)
460 * fixed bug in mxMatrix() when values argument is matrix and byrow=TRUE
461 * implemented square-bracket substitution for MxMatrix labels
462 * fixed a bug in computation of omxFIMLObjective within an algebra when definition variables are used
463 * significant alterations to back-end debugging flags
464 * tweaked memory handling in back-end matrix copying
465 * added support for x86_64 linux with gcc 4.2 and 4.3
466
467 Release 0.1.4-827 (Sep 18, 2009)
468 ================================
469 * added checking and type coercion to arguments of mxPath() function (a beta tester alerted us to this)
470 * moved matrices into submodels in UnivariateTwinAnalysis_MatrixRaw demo
471 * added Beginners Guide to online documentation
472 * mxRun() issues an error when the back-end reports a negative status code
473 * named entities and free or fixed parameter names cannot be numeric values
474 * constant literals are allowed inside mxAlgebra() statements, e.g. mxAlgebra(1 + 2 + 3)
475 * constant literals can be of the form 1.234E+56 or 1.234e+56.
476 * type checking added to mxMatrix arguments (prompted by a forum post)
477 * mxPath() issues an error if any of the arguments are longer than the number of paths to be generated
478 * data frames are now accepted at the back-end
479 * FIML ordinal objective function is now working. Still a bit slow and inelegant, but working
480 * FIML ordinal now accepts algebras and matrices. dimnames of columns must match data elements
481 * implemented free parameter and fixed parameter substitution in mxAlgebra statements
482 * implemented global variable substitution in mxAlgebra statements
483 * turned off matrix and algebra substitution until a new proposal is decided
484 * snow and snowfall are no longer required packages
485 * added cycle detection to algebra expressions
486 * mxEval() with compute = TRUE will assign dimnames to algebras
487 * added dimnames checking of algebras in the front-end before optimization is called
488 * added 'make rproftest' target to makefile
489
490 Release 0.1.3-776 (Aug 28, 2009)
491 ================================
492 * mxEvaluate() was renamed to mxEval() after input from beta testers on the forums.
493 * new function mxVersion that prints out the current version number (beta tester request).
494 * When printing OpenMx objects, the @ sign is used where it is needed if you would want to print part of the object (beta tester request).
495 * now supports PPC macs.
496 * implemented AIC, BIC and RMSEA calculations.
497 * mxMatrix documentation now talks about lower triangular matrices (beta tester request).
498 * fixed bugs in a number of demo scripts.
499 * added chi-square and p-value patch from beta tester Michael Scharkow.
500 * added comments to demo scripts.
501 * fixed a bug in the quadratic operator  (a beta tester alerted us to this).
502 * means vectors are now always 1xn matrices (beta tester request).
503 * added an option "compute" to mxEval() to precompute matrix expressions without going to the optimizer.
504 * Matrix algebra conformability is now tested in R at the beginning of each mxRun().
505 * named entities (i.e. mxMatrices, mxAlgebras, etc.) can no longer have the same name as the label of a free parameter.  (This seems obscure, but you will like what we do with it in the next version!)
506 * can use options(mxByrow=TRUE) in the R global options if you always read your matrices in with the byrow=TRUE argument.  Saves some typing.  (beta tester request)
507 * fixed the standard error estimates summary.
508 * added mxVersion() function to return the version number (as a string).
509
510 Release 0.1.2-708 (Aug 14, 2009)
511 ================================
512 * Added R help documentation for omxCheckCloseEnough(), omxCheckWithinPercentError(), 
513         omxCheckTrue(), omxCheckEquals(), and omxCheckSetEquals()
514
515 * (mxMatrix) Fixed a bug in construction of symmetric matrixes.
516     - now supports lower, standardized, and subdiagonal matrices.
517
518 Release 0.1 (Aug 03, 2009)
519 ==========================
520 * (mxEvaluate) mxEvaluate translates MxMatrix references, MxAlgebra references,  MxObjectiveFunction references, and label references.
521
522 * (mxOptions) added 'reset' argument to mxOptions()
523
524 * (mxPath) renamed 'start' argument of mxPath() to 'values'
525     - renamed 'name' argument of mxPath() to 'labels'
526     - renamed 'boundMin' argument of mxPath() to 'lbound'
527     - renamed 'boundMax' argument of mxPath() to 'ubound'
528     - eliminated 'ciLower' argument of mxPath()
529     - eliminated 'ciUpper' argument of mxPath()
530     - eliminated 'description' argument of mxPath()
531
532 * (dimnames) implemented dimnames(x) for MxMatrix objects
533     - implemented dimnames(x) <- value for MxMatrix objects
534     - implemented dimnames(x) for MxAlgebra objects
535     - implemented dimnames(x) <- value for MxAlgebra objects
536
537 * (mxMatrix) added 'dimnames' argument to mxMatrix()
538
539 * (mxData) renamed 'vector' argument of mxData() to 'means'