Allow expectations to suppress data sorting
[openmx:openmx.git] / CHANGES
1 trunk
2 =====
3 * bug fix in multiple-iteration upper confidence interval estimation
4 * renamed global state from "currentState" to "globalState"
5 * bug fix in mxRun() where a model with grandchildren submodels can
6   have its internal state corrupted
7 * detect non-conformable arrays for elementwise division in the front-end
8 * added 'return' statements to error conditions in the backend algebra
9   calculations.
10 * fix crash in Hessian calculation when no objective function is specified
11 * throw an error if standard errors are enabled and Hessian calculation is disabled
12 * added confidence interval calculations to checkpoint output
13
14 Release 1.3.0-2168 (September 17, 2012)
15 =======================================
16 * added mxOption() for "Analytic Gradients" with possible values "Yes"/"No"
17 * added 'cache' and 'cacheBack' arguments to mxEval()
18 * added omxLocateParameters() function (see ?omxLocateParameters)
19 * type='RAM' allowing 'manifestVars' argument to appear in a different order
20   than in the observed covariance matrix.
21 * the configuration mxRun(model, checkpoint = TRUE) writes a line
22   in the checkpoint file at the conclusion of model optimization.
23 * added "Always Checkpoint" to mxOptions() with values "Yes" or "No"
24 * header for the checkpoint file will identify anonymous 
25   free parameters with the string modelName.matrixName[row,col]
26 * omxGetParameters() and omxSetParameters() support anonymous
27   free parameters
28 * implemented cov2cor in the OpenMx backend
29 * mxOption "Major iterations" accepts either a value or a function
30 * now tracking the MxAlgebra and MxMatrix objects that need to be updated
31   when populating free parameters or updating definition variables.
32 * performance improvements in mxModel() when building RAM models
33 * performance improvements in mxRun() frontend for large matrices
34 * rewrite on the processing of objective functions in the frontend
35 * added R functions omxCbind(), omxRbind(), and omxTranspose()
36 * added 'fetch' argument to omxGetParameters()
37
38 Release 1.2.5-2156 (September 5, 2012)
39 ======================================
40 * bugfix to omxRAMtoML() when input model has covariance data
41 * fixing memory leak in cleaning up algebras when optimization is complete
42 * fixing memory leak in omxImaginaryEigenvalues()
43 * fixed a bug that manifests in confidence intervals with definition variables
44   (see http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/1505)
45 * fixed a bug in the identification of NA definition variables
46   (see http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/1521)
47
48 Release 1.2.4-2063 (May 22, 2012)
49 =================================
50 * added argument "name" to omxSetParameters()
51 * error checking for 0-length arguments to mxPath()
52 * fixing several memory leaks
53
54 Release 1.2.3-2011 (April 10, 2012)
55 ===================================
56 * bugfix when (I-A)^-1 speedup is disabled
57 * bugfix in mxAlgebra() detection of missing operator or function
58 * bugfix in joint FIML when: 1) there are no definition variables, 
59   2) the first (sorted) row with a new number of ordinal variables, and 
60   3) has all continuous variables missing
61
62 Release 1.2.2-1986 (March 22, 2012)
63 ===================================
64 * setting default value for mxOption("UsePPML") to "No" until
65   the feature is adequately tested. Added test enforcing default
66   value to test suite.
67
68 Release 1.2.1-1979 (March 21, 2012)
69 ===================================
70 * bug fix for interaction of matrix transpose and square bracket substitutions
71 * renaming mxLISRELObjective() to imxLISRELObjective(), LISREL objective function is not yet implementated.
72 * improved error messages when a free parameter has multiple lbounds/ubounds
73 * improved error messages when passing strings into mxModel()
74 * improved error messages in mxEval()
75
76 Release 1.2.0-1926 (February 04, 2012)
77 ======================================
78 * new interface such that 'objective@info$expMean', 'objective@info$expCov'
79   and 'objective@info$likelihoods' are available in FIML or RAM objective functions.
80 * bug fix for omxSetParameters with lbound or ubound of NA.
81 * catching unknown matrix operator or function in mxAlgebra() or mxConstraint() declaration
82 * deprecated 'all' argument from mxPath function and replaced it with 'connect' argument. Also updated demos that used 'all' argument and documentation.
83 * removed 'excludeself' argument from mxPath() function
84 * added deprecation warning for argument 'all' = TRUE in mxPath()
85 * added support for OpenMP in hessian calculation
86 * added support for OpenMP in continuous FIML objective function
87 * added support for OpenMP in ordinal FIML objective function
88 * added support for OpenMP in joint ordinal/continuous FIML objective function
89 * added more descriptive error message to mxOption()
90 * serializing the sum operation on likelihoods - floating point addition is not associative
91
92 Release  1.1.2-1818 (October 24, 2011)
93 ======================================
94 * fixed bug in summary() function, see http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/1104
95 * fixed bug in independence model likelihood calculation for ML objective
96 * included support for gcc 4.5 and 4.6 under 32-bit x86
97
98 Release  1.1.1-1784 (September 11, 2011)
99 ========================================
100 * fixed several bugs in joint ordinal-continuous integration
101 * fixed several typos in User Guide
102
103 Release  1.1.0-1764 (August 22, 2011)
104 =====================================
105 * Joint and Ordinal documentation included and up to date.
106 * added deprecation warning for argument 'all'=TRUE in mxPath()
107 * added omxSelectRowsAndCols, omxSelectRows and omxSelectCols documentation
108 * fixed model flattening to keep track of confidence intervals in submodels
109 * added error checking for dimnames on MxMatrix and MxAlgebra objects
110 * reformated comments and heading style for all demos
111 * fixed segmentation fault on backend error condition
112 * turn off jiggling of free parameters with starting values of 0.0 when useOptimizer=FALSE
113 * allow non-RAM objective functions in RAM model
114 * change model type names to 'default' and 'RAM'
115 * no longer explicitly transforming RAM + raw data models into FIML models
116 * fixed bug in MxMatrix indexing operator
117 * added argument 'threshnames' to mxFIMLObjective() and mxRAMObjective()
118 * renaming majority of omx* functions to imx* functions. See http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/761
119 * added error checking to mxOption() function
120 * added "Optimality tolerance" to mxOption() selection
121 * added 'lbound' and 'ubound' columns to summary() output of free parameters
122 * added asterisks to the 'lbound' and 'ubound' columns when feasibility tolerance is met
123 * added "omxNot" function to the set of available mxAlgebra() function
124 * added "omxSelectRows", "omxSelectCols", and "omxSelectRowsAndCols" as mxAlgebra operators()
125 * added "mean" function to the set of available mxAlgebra() functions
126 * added slots "expCov" and "expMean" to the MxRAMObjective function
127 * added useOptimizer option to mxRun.
128 * added error checking in frontend and backend for non-positive-definite observed covariance matrices
129 * added "omxGreaterThan", "omxLessThan", "omxApproxEquals", "omxAnd", and "omxOr" operators to the set of mxAlgebra() operators
130 * error checking for model[[1]] or model[[TRUE]]
131 * error checking in the front-end whether more than 20 ordinal columns are present in a data set
132 * improved performance in the front-end in mxModel() for adding paths to RAM models
133 * print name of algebra when operator has too few or too many arguments
134 * added mxErrorPool() function and R documentation.
135 * added Apache license information to all R documentation files.
136 * new implementation of mxEval().
137 * new argument 'defvar.row' to mxEval().  See ?mxEval.
138 * handling definition variables for (I - A) ^ - 1 speedup
139 * handling square bracket labels for (I - A) ^ - 1 speedup
140 * added argument 'free' to omxGetParameters.  See ?omxGetParameters.
141 * added argument 'strict' to omxSetParameters.  See ?omxSetParameters.
142 * eliminated warnings for confidence interval optimization codes
143 * added "..." argument to mxRObjectiveFunction()
144 * fix memory leak in RAM objective function
145 * removed dependency to MBESS library in R documentation
146 * added more descriptive error message when thresholds are not sorted
147 * incorporated NaN unsafe matrix-matrix multiplication (dgemm) from R <= 2.11.1
148 * incorporated NaN unsafe matrix-vector multiplication (dgemv) from R <= 2.11.1
149 * return NA in mxVersion() if "OpenMx" cannot be found
150 * fix infinite loop in objective function transformations
151 * added initialization to load OpenMx on swift workers
152 * implemented omxParallelCI() to calculate confidence intervals in parallel
153 * only calculating CIs for upper triangle of symmetric matrices
154 * cleanup appearance of transient MxMatrix objects in error messages
155 * fix bug with very large number of omxUntitledName() objects
156 * added optional argument CPUS=n to "make test" target
157 * change snowfall interface to use sfClusterApplyLB()
158 * storing raw data in row-major order, and copying contiguous data rows
159 * fix bug in mxModel() when using remove = TRUE
160
161 Release 1.0.7-1706 (July 6, 2011)
162 =================================
163 * error checking in front-end for non-positive-definite observed covariance matrices
164 * fix bug in MxMatrix indexing operator
165 * added deprecation warning for argument 'all'=TRUE in mxPath()
166
167 Release 1.0.6-1581 (March 10, 2011)
168 ===================================
169 * Bug fix corner case in sorting data with definition variables
170
171 Release 1.0.5-1575 (March 8, 2011)
172 ==================================
173 * added error checking in ML objective to match expected covariance and observed covariance matrices
174 * updated BootstrapParallel.R demo to use mxData() instead of model@data
175 * added the dataset from the Psychometrika article (www.springerlink.com/content/dg37445107026711)
176
177 Release 1.0.4-1540 (January 16, 2011)
178 =====================================
179 * added initialization to load OpenMx on swift workers
180 * only calculating CIs for upper triangle on symmetric matrices
181 * fix bug with very large number of omxUntitledName() objects
182 * incorporated NaN unsafe matrix-vector multiplication (dgemv) from R <= 2.11.1
183 * fix bug in mxModel() when using remove = TRUE
184 * Added intervals to MxModel class documentation
185
186 Release 1.0.3-1505 (November 10, 2010)
187 ======================================
188 * return NA in mxVersion() if "OpenMx" cannot be found
189 * eliminate infinite loop in objective function transformations
190
191 Release 1.0.2-1497 (November 5, 2010)
192 =====================================
193 * missing <errno.h> include 
194 * fix memory leak in RAM objective function
195 * incorporated NaN unsafe matrix-matrix multiplication (dgemm) from R <= 2.11.1
196
197 Release 1.0.1-1464 (October 8, 2010)
198 ====================================
199 * bugfix for mxEval() and MxData objects
200 * handling definition variables for (I - A) ^ - 1 speedup
201 * handling square bracket labels for (I - A) ^ - 1 speedup
202 * added argument 'free' to omxGetParameters.  See ?omxGetParameters.
203 * added argument 'strict' to omxSetParameters.  See ?omxSetParameters.
204 * eliminated warnings for confidence interval optimization codes
205
206 Release 1.0.0-1448 (September 30, 2010)
207 =======================================
208 * added missing entries to demo 00INDEX file
209
210 Release 0.9.2-1446 (September 26, 2010)
211 =======================================
212 * added growth mixture models to user guide
213 * added initial Swift hook in omxLapply() - currenly activated only for mxRun calls
214 * fixed a bug in mxRename() when encountering symbol of missingness
215 * bugfix for crash when '*' is used instead of '%*%'
216 * feature removal: square brackets in MxMatrix labels now accept only literal values
217 * bugfix for definition variables used in mxRowObjective (which is still experimental)
218 * bugfix for (I - A) ^ -1 speedup with FIML optimization
219
220 Release 0.9.1-1421 (September 12, 2010)
221 =======================================
222 * fixed a bug in -2 LL calculation in RAM models with definition variables and raw data
223
224 Release 0.9.0-1417 (September 10, 2010)
225 =======================================
226 * improved error messages for non 1 x n means vectors in FIML and ML
227 * fixed a performance bug that was forcing too many recalculations of the covariance matrix in FIML optimizations.
228 * defualt behavior is to disable standard error calculations when model contains nonlinear constraints
229 * improved error messages for NA values in definition variables
230 * added error message when expected covariance dimnames and threshold dimnames do not contain the same elements.
231 * fixed a bug when mxRename() encounters a numeric or character literal.
232 * new chapters added to OpenMx user guide.
233 * fixed a bug in -2 log likelihood calculation with missing data
234
235 Release 0.5.2-1376 (August 29, 2010)
236 ====================================
237 * improved error messages when identical label is applied to free and fixed parameters
238 * added 'onlyFrontend' optional argument to mxRun() function.  See ?mxRun.
239 * disabling cbind() and rbind() transformations as they are broken.
240
241 Release 0.5.1-1366 (August 22, 2010)
242 ====================================
243 * added error detection when multiple names are specified in mxMatrix(), mxAlgebra(), etc.
244 * removed 'digits' argument from mxCompare.  Target behavior of argument was unclear.  See ?mxCompare
245 * more informative error messages for 'dimnames' argument of objective functions
246 * more informative error messages when constraints have wrong dimensions
247 * improved error detected for 'nrow' and 'ncol' arguments of mxMatrix() function
248 * fixed a bug in ordinal FIML objective functions with non-used continuous data
249
250 Release 0.5.0-1353 (August 08, 2010)
251 ====================================
252 * calculating cycle length of RAM objective functions
253 * bugfix: preserve rownames when converting data.frame columns to numeric values
254 * 'nrow' and 'ncol' arguments now supercede matrix dimensions in mxMatrix()
255 * add boolean argument 'vector' to mxRAMObjective() for returning the vector of likelihoods
256 * added demo(OneFactorModel_LikelihoodVector) as example of 'vector=TRUE' in RAM model
257 * cbind() and rbind() inside MxAlgebra expressions with all arguments as MxMatrix objects are themselves transformed into MxMatrix objects
258 * bugfix with square bracket substitution
259 * finishing implementing sorting of raw data in mxFIMLObjective()
260 * added 'RAM Optimization' and 'RAM Max Depth' to model options.  See ?mxOption
261 * added support for linux x86_64 with gcc 4.1.x
262
263 Release 0.4.1-1320 (June 12, 2010)
264 ==================================
265 * confidence interval optimizations now jitter if they can't get started
266 * added error checking for dimensions of expected means in ML + FIML objectives
267 * check for missing observed means when using (optional) expected means in ML
268 * added citation("OpenMx") information
269
270 Release 0.4.0-1313 (June 09, 2010)
271 ==================================
272 * fixed bug in calculation of confidence intervals around non-objective values
273 * checking for partial square bracket references on input
274 * fixed error reporting for non-positive-definite covariances in FIML
275 * implemented initial sorting-based speedup for FIML objectives
276 * added 'No Sort Data' to mxOptions()
277 * eliminated getOption('mxOptimizerOptions') and getOption('mxCheckpointOptions') 
278 * added getOption('mxOptions')
279 * error messages for illegal names provide function call information
280 * added 'estimates' column to confidence intervals in summary() of model
281 * fixed bug so checkpointing will work in R 2.9.x series
282 * fixed bug so mxRename() works on confidence interval specification
283 * renaming 'estimates' column of confidence interval summary output to 'estimate'
284
285 Release 0.3.3-1264 (May 24, 2010)
286 =================================
287 * confidence interval frontend was requesting nonexistent matrices
288 * omxNewMatrixFromMxMatrix() assumed input was always integer vector S-expression
289 * confidence intervals mislabeling free parameter names
290
291 Release 0.3.2-1263 (May 22, 2010)
292 =================================
293 * added 'newlabels' argument to omxSetParameters() function
294 * now throwing errors to the user when detected from the backend in mxRun()
295 * checkpointing mechanism implemented - mxRun(model, checkpoint = TRUE)
296 * never computing confidence intervals for matrix cells where free = FALSE (all bets are off on algebras)
297 * added mxOption(model, "CI Max Iterations", value) 
298 * added documentation for mxRestore() function
299 * default expected means vectors are no longer generated
300
301 Release 0.3.1-1246 (May 09, 2010)
302 =================================
303
304 * new arguments to mxRun() for checkpointing and socket communication (doesn't work yet)
305 * throw an error if FIML objective has thresholds but observed data is not a data.frame object.
306 * bugfix for R version 2.11.0 is detecting as.symbol("") character as missing function parameter
307 * mxFactor() function accepts data.frame objects
308 * added mxCI() function to calculate likelihood-based confidence intervals
309 * mxCompare() shows model information for base models
310 * added flag all=[TRUE|FALSE] to mxCompare() function
311 * 'SaturatedLikelihood' argument to summary() function will accept MxModel object
312
313 Release 0.3.0-1217 (Apr 20, 2010)
314 =================================
315
316 new features
317 ------------
318 * implemented new ordinal data interface http://openmx.psyc.virginia.edu/thread/416#comment-1421 (except for 'means=0' component)
319 * added mxFactor() function (see ?mxFactor for help)
320 * added R documentation for rvectorize() and cvectorize()
321 * implemented eigenvalues and eigenvectors
322 * added 'numObs', 'numStats' arguments to mxAlgebraObjective()
323 * added 'numObs', 'numStats' arguments to summary()
324
325 changes to interface
326 --------------------
327 * mxConstraint("A", "=", "B") is now written as mxConstraint(A == B)
328 * renaming 'cov' argument to 'covariance' in omxMnor()
329 * renaming 'lbounds' argument to 'lbound' in omxMnor()
330 * renaming 'ubounds' argument to 'ubound' in omxMnor()
331 * renaming 'cov' argument to 'covariance' in omxAllInt()
332 * argument 'silent = TRUE' to mxRun() will no longer suppress warnings
333 * argument 'suppressWarnings = TRUE' to mxRun() will suppress warnings
334
335 bug fixes
336 ---------
337 * added error checking for mxBounds() with undefined parameter names
338 * improving error messages in mxMatrix() function
339 * fixed aliasing bug in mxAlgebra() with external variables and constant values
340
341 internal
342 --------
343 * added directory to repository for nightly tests ("make nightly")
344 * performance improvement to namespace conversion
345 * changing MxPath data structure from a list to an S4 object
346 * new signature for omxSetParameters(model, labels, free, values, lbound, ubound, indep)
347 * checked in implementation of mergesort
348 * changed mxCompare() signature to mxCompare(base, comparison, digits = 3)
349
350
351 Release 0.2.10-1172 (Mar 14, 2010)
352 ==================================
353 * bugfix for assigning default data name when default data does not exist
354 * bugfix for sharing/unsharing data to a three-level hierarchy
355 * bugfix for error reporting in bad matrix access, uncalculated std. errors, and poor omxAllint thresholds
356 * implemented rvectorize, cvectorize algebra functions: vectorize by row, and vectorize by column
357 * not allowing the following forbidden characters in names or labels: "+-!~?:\*/^%<>=&|$"
358 * added timestamp to summary() output
359 * reimplemented summary() function to handle unused data rows, and independent submodels
360 * reimplemented names(model), model$foo, and model$foo <- value to return all components of a model tree
361 * started work on an "OpenMx style guide" section to the User Guide.
362 * fix documentation + demo errors brought to our attention by dbishop
363
364 Release 0.2.9-1147 (Mar 04, 2010)
365 =================================
366 * bugfix for ordinal FIML with columns that are not threshold columns
367 * bugfix for detection of algebraic cycles when multiple objective functions are present
368 * test cases included for standard error calculation
369 * enabled standard error calculation by default
370
371 Release 0.2.8-1133 (Mar 02, 2010)
372 =================================
373 * bugfix for memory leak behavior in kronecker product calculation
374 * implemented kronecker exponentiation operator %^%.
375 * actually updating means calculations in ordinal FIML models
376 * removing standard errors from summary() until they are computed correctly
377
378 Release 0.2.7-1125 (Feb 28, 2010)
379 =================================
380 * added 'unsafe' argument to mxRun function.  See ?mxRun for more information.
381 * bugfix for filtering definition variable assignment to current data source.
382 * bugfix for using data.frame with integer type columns that are not factors.
383
384 Release 0.2.6-1114 (Feb 23, 2010)
385 =================================
386 * implemented omxAllInt, use ?omxAllInt for R help on this function
387 * implemented omxMnor, use ?omxMnor for R help on this function
388 * added option to calculate Hessian after optimization.  See ?mxOption for R help.
389 * added option to calculate standard errors after optimization.  See ?mxOption for R help.
390 * added R documentation for vech, vechs, vec2diag, and diag2vec
391 * performance improvements for independent submodels
392 * added 'silent=FALSE' argument to mxRun() function
393 * added R documentation for omxApply(), omxSapply(), and omxLapply()
394 * wrote mxRename() and added R documentation for function
395 * added 'indep' argument to summary() to ignore independent submodels (see ?summary)
396 * added 'independentTime' to summary() output. Wall clock time for independent submodels.
397 * added 'wallTime' and 'cpuTime' to summary() output. Total wall clock time and total cpu time.
398 * implemented ':' operator for MxAlgebra expressions. 1:5 returns the vector [1,2,3,4,5]
399 * implemented subranges for '[' operator in MxAlgebra expressions. foo[1:5,] is valid inside algebra.
400 * added omxGetParameters, omxSetParameters, omxAssignFirstParameters.  Use ? for documentation.
401 * renamed all objective function generic functions from omxObj* to genericObj*
402 * enumerated OpenMx and NPSOL options in ?mxOption documentation
403 * implemented foo[x,y] and foo[x,y] <- z for MxMatrix objects
404
405
406 Release 0.2.5-1050 (Jan 22, 2010)
407 =================================
408 * added 'mxVersion' slot to output of summary() function.
409 * added documentation of summary() function.
410 * set default function precision for ordinal FIML evaluation to "1e-9"
411 * not throwing an error on mxMatrix('Full', 3, 3, labels = c(NA, NA, NA))
412 * applying identical error checking to single thresholds matrix and single thresholds algebra
413 * implemented generic method names() for MxModel objects.
414 * implemented vec2diag() and diag2vec() matrix algebra functions.
415
416 Release 0.2.4-1038 (Jan 15, 2010)
417 =================================
418 * definition variables can now be used inside algebra expressions
419 * definition variables inside of MxMatrices will populate to the 1st row before conformability checking. In plain english: you do not need to specify the starting values for definition variables.
420 * the square-bracket operator when used in MxMatrix labels is no longer restricted to constants for the row and column.  The row and column arguments will accept any term that evaluates to a scalar value or a (1 x 1) matrix.
421 * summary() on a model returns a S3 object.  Behaves like summary() in stats package.
422 * eliminated UnusualLabels.R test case.  Too many problems with windows versus OS X versus linux.
423 * implemented vech() and vechs() functions: half-vectorization and strict half-vectorization
424 * fixed bug in ordinal FIML when # of data columns > # of thresholds
425 * added 'frontendTime' and 'backendTime' values to summary() output. They store the elapsed time of a model in the R front-end and C back-end, respectively.
426 * created a name space for the OpenMx library. Only mx**() and omx**() functions should be exported to the user, plus several miscellaneous matrix functions and S4 generic functions.
427 * corrected 'observedStatistics' output of summary() to exclude definition variables
428 * corrected 'observedStatistics' output of summary() count the number of equality constraints
429
430 Release 0.2.3-1006 (Dec 04, 2009)
431 =================================
432 * added 'vector' argument to mxFIMLObjective() function. Specifies whether to return the likelihood vector (if TRUE) or the sum of log likelihoods (if FALSE). Default value is FALSE.
433 * renamed omxCheckEquals() to omxCheckIdentical(). omxCheckIdentical() call "identical" so that NAs can be compared.
434 * added checking of column names of F and M matrices in RAM objective functions.
435 * added 'dimnames' argument to mxRAMObjective() function. Populates the column names of F and M matrices.
436 * added square bracket operator to MxAlgebra expressions.  A[x,y] or A[,y] or A[x,] or A[,] are valid.
437 * square bracket operator supports row and column string arguments.
438 * mxModel(remove=TRUE) accepts both character names or S4 named entities.
439 * added support for x86_64 on OS X 10.6 (snow leopard)
440 * fixed support for x86_64 on Ubuntu 9.10 (gcc 4.4)
441 * throw error message when inserting a named entity into a model with an identical name
442 * added Anthony William Fairbank Edwards "Likelihood" (1972; 1984) A, B, O blood group example to online documentation
443
444 Release 0.2.2-951 (Oct 29, 2009)
445 ================================
446 * omxGraphviz() either prints to stdout or to a filename
447 * updated omxGraphviz() to draw an arrow if (value != 0 || free == TRUE || !is.na(label))
448 * omxGraphviz() returns a character string invisibly
449 * error checking for bogus definition variables
450 * summary() uses matrix dimnames by default, use options('mxShowDimnames'=FALSE) to disable
451 * added support for gcc 4.4 (Ubuntu 9.10) on x86 and x86_64 architectures
452 * created R documention for omxGraphviz() function
453 * generalized dependency specification for objective functions (omxObjDependencies)
454 * fixed cross-reference links in User Guide
455
456 Release 0.2.1-922 (Oct 10, 2009)
457 ================================
458 * checked observed data for dimnames on ML objective functions
459 * using dimnames= argument to mxMLObjective() and mxFIMLObjective()
460   propagates to MxMatrix objects on output.
461 * bug fix for error message where model name is incorrect
462 * updated user guide in response to feedback from beta testers
463 * incremented version number to 0.2.1-922 to sync demos and user guide
464
465 Release 0.2.0-905 (Oct 06, 2009)
466 ================================
467 * several of the twin model demo examples have been recoded.
468 * fixed bug with non-floating point matrices.
469 * more error checking for mxPath().
470 * tools/mxAlgebraParser.py will convert Mx 1.0 algebra expressions (Python PLY library is required).
471 * renamed "parameter estimate" column to "Estimate" and "error estimate" to "Std.Error" in summary().
472 * added 'dimnames' argument to mxFIMLObjective() and mxMLObjective().
473 * error checking for RAM models with non-RAM objective functions.
474
475 Release 0.1.5-851 (Sep 25, 2009)
476 ================================
477 * improved error messages on unknown identifier in a model (beta tester issue)
478 * fixed bug in mxMatrix() when values argument is matrix and byrow=TRUE
479 * implemented square-bracket substitution for MxMatrix labels
480 * fixed a bug in computation of omxFIMLObjective within an algebra when definition variables are used
481 * significant alterations to back-end debugging flags
482 * tweaked memory handling in back-end matrix copying
483 * added support for x86_64 linux with gcc 4.2 and 4.3
484
485 Release 0.1.4-827 (Sep 18, 2009)
486 ================================
487 * added checking and type coercion to arguments of mxPath() function (a beta tester alerted us to this)
488 * moved matrices into submodels in UnivariateTwinAnalysis_MatrixRaw demo
489 * added Beginners Guide to online documentation
490 * mxRun() issues an error when the back-end reports a negative status code
491 * named entities and free or fixed parameter names cannot be numeric values
492 * constant literals are allowed inside mxAlgebra() statements, e.g. mxAlgebra(1 + 2 + 3)
493 * constant literals can be of the form 1.234E+56 or 1.234e+56.
494 * type checking added to mxMatrix arguments (prompted by a forum post)
495 * mxPath() issues an error if any of the arguments are longer than the number of paths to be generated
496 * data frames are now accepted at the back-end
497 * FIML ordinal objective function is now working. Still a bit slow and inelegant, but working
498 * FIML ordinal now accepts algebras and matrices. dimnames of columns must match data elements
499 * implemented free parameter and fixed parameter substitution in mxAlgebra statements
500 * implemented global variable substitution in mxAlgebra statements
501 * turned off matrix and algebra substitution until a new proposal is decided
502 * snow and snowfall are no longer required packages
503 * added cycle detection to algebra expressions
504 * mxEval() with compute = TRUE will assign dimnames to algebras
505 * added dimnames checking of algebras in the front-end before optimization is called
506 * added 'make rproftest' target to makefile
507
508 Release 0.1.3-776 (Aug 28, 2009)
509 ================================
510 * mxEvaluate() was renamed to mxEval() after input from beta testers on the forums.
511 * new function mxVersion that prints out the current version number (beta tester request).
512 * When printing OpenMx objects, the @ sign is used where it is needed if you would want to print part of the object (beta tester request).
513 * now supports PPC macs.
514 * implemented AIC, BIC and RMSEA calculations.
515 * mxMatrix documentation now talks about lower triangular matrices (beta tester request).
516 * fixed bugs in a number of demo scripts.
517 * added chi-square and p-value patch from beta tester Michael Scharkow.
518 * added comments to demo scripts.
519 * fixed a bug in the quadratic operator  (a beta tester alerted us to this).
520 * means vectors are now always 1xn matrices (beta tester request).
521 * added an option "compute" to mxEval() to precompute matrix expressions without going to the optimizer.
522 * Matrix algebra conformability is now tested in R at the beginning of each mxRun().
523 * named entities (i.e. mxMatrices, mxAlgebras, etc.) can no longer have the same name as the label of a free parameter.  (This seems obscure, but you will like what we do with it in the next version!)
524 * can use options(mxByrow=TRUE) in the R global options if you always read your matrices in with the byrow=TRUE argument.  Saves some typing.  (beta tester request)
525 * fixed the standard error estimates summary.
526 * added mxVersion() function to return the version number (as a string).
527
528 Release 0.1.2-708 (Aug 14, 2009)
529 ================================
530 * Added R help documentation for omxCheckCloseEnough(), omxCheckWithinPercentError(), 
531         omxCheckTrue(), omxCheckEquals(), and omxCheckSetEquals()
532
533 * (mxMatrix) Fixed a bug in construction of symmetric matrixes.
534     - now supports lower, standardized, and subdiagonal matrices.
535
536 Release 0.1 (Aug 03, 2009)
537 ==========================
538 * (mxEvaluate) mxEvaluate translates MxMatrix references, MxAlgebra references,  MxObjectiveFunction references, and label references.
539
540 * (mxOptions) added 'reset' argument to mxOptions()
541
542 * (mxPath) renamed 'start' argument of mxPath() to 'values'
543     - renamed 'name' argument of mxPath() to 'labels'
544     - renamed 'boundMin' argument of mxPath() to 'lbound'
545     - renamed 'boundMax' argument of mxPath() to 'ubound'
546     - eliminated 'ciLower' argument of mxPath()
547     - eliminated 'ciUpper' argument of mxPath()
548     - eliminated 'description' argument of mxPath()
549
550 * (dimnames) implemented dimnames(x) for MxMatrix objects
551     - implemented dimnames(x) <- value for MxMatrix objects
552     - implemented dimnames(x) for MxAlgebra objects
553     - implemented dimnames(x) <- value for MxAlgebra objects
554
555 * (mxMatrix) added 'dimnames' argument to mxMatrix()
556
557 * (mxData) renamed 'vector' argument of mxData() to 'means'