old files deleted, new files added
[openmx:openmx.git] / demo / UnivariateSaturated_MatrixRaw.R
1 # -----------------------------------------------------------------------
2 # Program: UnivariateSaturated_MatrixRaw.R  
3 #  Author: Hermine Maes
4 #    Date: 08 01 2009 
5 #
6 # Univariate Saturated model to estimate means and variances
7 # Matrix style model input - Raw data input
8 #
9 # Revision History
10 #   Hermine Maes -- 10 08 2009 updated & reformatted
11 # -----------------------------------------------------------------------
12
13 require(OpenMx)
14
15 #Simulate Data
16 # -----------------------------------------------------------------------
17 set.seed(100)
18 x <- rnorm (1000, 0, 1)
19 testData <- as.matrix(x)
20 selVars <- c("X")
21 dimnames(testData) <- list(NULL, selVars)
22 summary(testData)
23 mean(testData)
24 var(testData)
25
26 #examples 4: Saturated Model with Raw Data and Matrix-Style Input
27 # -----------------------------------------------------------------------
28 univSatModel4 <- mxModel("univSat4",
29     mxMatrix(
30         type="Symm", 
31         nrow=1, 
32         ncol=1, 
33         free=T, 
34         values=1, 
35         name="expCov"
36     ),
37     mxMatrix(
38         type="Full", 
39         nrow=1, 
40         ncol=1, 
41         free=T, 
42         values=0, 
43         name="expMean"
44     ),
45     mxData(
46         observed=testData, 
47         type="raw", 
48     ),
49     mxFIMLObjective(
50         covariance="expCov", 
51         means="expMean",
52         dimnames=selVars
53     )
54 )
55
56 univSatFit4 <- mxRun(univSatModel4)
57 EM4 <- mxEval(expMean, univSatFit4)
58 EC4 <- mxEval(expCov, univSatFit4)
59 LL4 <- mxEval(objective, univSatFit4);
60
61
62 #Mx answers hard-coded
63 v#example Mx..1: Saturated Model with Raw Data
64 Mx.EM2 <- 0.01680516
65 Mx.EC2 <- 1.061050
66 Mx.LL2 <- 2897.135
67
68
69 #Compare OpenMx results to Mx results 
70 # -----------------------------------------------------------------------
71 # (LL: likelihood; EC: expected covariance, EM: expected means)
72 #4:RawMat
73 omxCheckCloseEnough(LL4,Mx.LL2,.001)
74 omxCheckCloseEnough(EC4,Mx.EC2,.001)
75 omxCheckCloseEnough(EM4,Mx.EM2,.001)
76