Parallel FIML passes all tests in the test suite.
[openmx:openmx.git] / src / omxMatrix.h
1 /*
2  *  Copyright 2007-2009 The OpenMx Project
3  *
4  *  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
5  *  you may not use this file except in compliance with the License.
6  *  You may obtain a copy of the License at
7  *
8  *       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
9  *
10  *   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
11  *   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
12  *   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
13  *  See the License for the specific language governing permissions and
14  *  limitations under the License.
15  *
16  */
17
18 /***********************************************************
19  *
20  *  omxMatrix.h
21  *
22  *  Created: Timothy R. Brick   Date: 2008-11-13 12:33:06
23  *
24  *      Contains header information for the omxMatrix class
25  *   omxDataMatrices hold necessary information to simplify
26  *      dealings between the OpenMX back end and BLAS.
27  *
28  **********************************************************/
29
30 #ifndef _OMXMATRIX_H_
31 #define _OMXMATRIX_H_
32
33 #include "R.h"
34 #include <Rinternals.h>
35 #include <Rdefines.h>
36 #include <R_ext/Rdynload.h>
37 #include <R_ext/BLAS.h>
38 #include <R_ext/Lapack.h>
39 #include "omxDefines.h"
40 #include "omxBLAS.h"
41
42 typedef struct omxMatrix omxMatrix;
43
44 #include "omxAlgebra.h"
45 #include "omxObjective.h"
46 #include "omxState.h"
47
48
49 struct omxMatrix {                                              // A matrix
50                                                                                 //TODO: Improve encapsulation
51 /* Actually Useful Members */
52         int rows, cols;                                         // Matrix size  (specifically, its leading edge)
53         double* data;                                           // Actual Data Pointer
54         unsigned short colMajor;                        // and column-majority.
55         unsigned short hasMatrixNumber;         // is this object in the matrix or algebra arrays?
56         int matrixNumber;                                       // the offset into the matrices or algebras arrays
57
58 /* For Memory Administrivia */
59         unsigned short localData;                       // If data has been malloc'd, and must be freed.
60
61 /* For aliased matrices */                              // Maybe this should be a subclass, as well.
62         omxMatrix* aliasedPtr;                          // For now, assumes outside data if aliased.
63         unsigned short originalColMajor;        // Saved for reset of aliased matrix.
64         unsigned short originalRows;            // Saved for reset of aliased matrix.
65         unsigned short originalCols;            // Saved for reset of aliased matrix.
66
67 /* For BLAS Multiplication Speedup */   // TODO: Replace some of these with inlines or macros.
68         const char* majority;                           // Filled by compute(), included for speed
69         const char* minority;                           // Filled by compute(), included for speed
70         int leading;                                            // Leading edge; depends on original majority
71         int lagging;                                            // Non-leading edge.
72
73 /* Curent State */
74         omxState* currentState;                         // Optimizer State
75         unsigned short isDirty;                         // Retained, for historical purposes.
76         unsigned short isTemporary;                     // Whether or not to destroy the omxMatrix Structure when omxFreeAllMatrixData is called.
77         int lastCompute;                                        // Compute Count Number at last computation
78         int lastRow;                                            // Compute Count Number at last row update (Used for row-by-row computation only)
79
80 /* For Algebra Functions */                             // At most, one of these may be non-NULL.
81         omxAlgebra* algebra;                            // If it's not an algebra, this is NULL.
82         omxObjective* objective;                        // If it's not an objective function, this is NULL.
83
84 /* For inclusion in(or of) other matrices */
85         int numPopulateLocations;
86         int *populateFrom;
87         int *populateFromRow, *populateFromCol;
88         int *populateToRow, *populateToCol;
89
90 };
91
92 /* Initialize and Destroy */
93         omxMatrix* omxInitMatrix(omxMatrix* om, int nrows, int ncols, unsigned short colMajor, omxState* os);                   // Set up matrix 
94         omxMatrix* omxInitTemporaryMatrix(omxMatrix* om, int nrows, int ncols, unsigned short colMajor, omxState* os);  // Set up matrix that can be freed
95         void omxFreeMatrixData(omxMatrix* om);                                                  // Release any held data.
96         void omxFreeAllMatrixData(omxMatrix* om);                                               // Ditto, traversing argument trees
97
98 /* Matrix Creation Functions */
99         omxMatrix* omxNewMatrixFromMxMatrix(SEXP matrix, omxState *state);                      // Create an omxMatrix from an R MxMatrix
100         omxMatrix* omxNewMatrixFromRPrimitive(SEXP rObject, omxState *state,
101         unsigned short hasMatrixNumber, int matrixNumber);                                                      // Create an omxMatrix from an R object
102         omxMatrix* omxNewIdentityMatrix(int nrows, omxState* state);                            // Creates an Identity Matrix of a given size
103         extern omxMatrix* omxNewMatrixFromMxIndex(SEXP matrix, omxState* os);   // Create a matrix/algebra from a matrix pointer
104         extern omxMatrix* omxNewMatrixFromIndexSlot(SEXP rObj, omxState* state, char* const slotName);  // Gets a matrix from an R SEXP slot
105         omxMatrix* omxDuplicateMatrix(omxMatrix* src, omxState* newState);
106
107 /* Getters 'n Setters (static functions declared below) */
108         // static OMXINLINE double omxMatrixElement(omxMatrix *om, int row, int col);
109         // static OMXINLINE double omxVectorElement(omxMatrix *om, int index);
110         // static OMXINLINE void omxSetMatrixElement(omxMatrix *om, int row, int col, double value);
111         // static OMXINLINE void omxSetVectorElement(omxMatrix *om, int index, double value);
112
113         double omxAliasedMatrixElement(omxMatrix *om, int row, int col);                        // Element from unaliased form of the same matrix
114         double* omxLocationOfMatrixElement(omxMatrix *om, int row, int col);
115         void omxMarkDirty(omxMatrix *om);
116
117 /* Matrix Modification Functions */
118         void omxZeroByZeroMatrix(omxMatrix *source);
119         void omxResizeMatrix(omxMatrix *source, int nrows, int ncols,
120                                                         unsigned short keepMemory);                                                                     // Resize, with or without re-initialization
121         omxMatrix* omxFillMatrixFromMxMatrix(omxMatrix* om, SEXP matrix, omxState *state);      // Populate an omxMatrix from an R MxMatrix
122         omxMatrix* omxFillMatrixFromRPrimitive(omxMatrix* om, SEXP rObject, omxState *state,
123                 unsigned short hasMatrixNumber, int matrixNumber);                                                              // Populate an omxMatrix from an R object
124         void omxProcessMatrixPopulationList(omxMatrix *matrix, SEXP matStruct);
125         void omxCopyMatrix(omxMatrix *dest, omxMatrix *src);                                                            // Copy across another matrix.
126         void omxUpdateMatrix(omxMatrix *dest, omxMatrix *src);                                                  // Update matrix state with a reference source.
127         void omxTransposeMatrix(omxMatrix *mat);                                                                                                // Transpose a matrix in place.
128         void omxToggleRowColumnMajor(omxMatrix *mat);                                                                           // Transform row-major into col-major and vice versa 
129
130 /* Function wrappers that switch based on inclusion of algebras */
131         void omxPrint(omxMatrix *source, char* d);                                                                                      // Pretty-print a (small) matrix
132         unsigned short int omxNeedsUpdate(omxMatrix *matrix);                                                           // Does this need to be recomputed?
133         void omxRecompute(omxMatrix *matrix);                                                                                           // Recompute the matrix if needed.
134         void omxCompute(omxMatrix *matrix);                                                                                                     // Recompute the matrix no matter what.
135
136 /* Aliased Matrix Functions */
137         void omxAliasMatrix(omxMatrix *alias, omxMatrix* const source);         // Allows aliasing for faster reset.
138         void omxResetAliasedMatrix(omxMatrix *matrix);                                          // Reset to the original matrix
139         void omxRemoveRowsAndColumns(omxMatrix* om, int numRowsRemoved, int numColsRemoved, int rowsRemoved[], int colsRemoved[]);
140
141 /* Matrix-Internal Helper functions */
142         void omxMatrixCompute(omxMatrix *matrix);
143         void omxPrintMatrix(omxMatrix *source, char* d);                    // Pretty-print a (small) matrix
144         unsigned short int omxMatrixNeedsUpdate(omxMatrix *matrix);
145
146 /* OMXINLINE functions and helper functions */
147
148 void setMatrixError(int row, int col, int numrow, int numcol);
149 void setVectorError(int index, int numrow, int numcol);
150 void matrixElementError(int row, int col, int numrow, int numcol);
151 void vectorElementError(int index, int numrow, int numcol);
152
153
154 /* BLAS Wrappers */
155
156 static OMXINLINE void omxSetMatrixElement(omxMatrix *om, int row, int col, double value) {
157         if(row >= om->rows || col >= om->cols) {
158                 setMatrixError(row + 1, col + 1, om->rows, om->cols);
159         }
160         int index = 0;
161         if(om->colMajor) {
162                 index = col * om->rows + row;
163         } else {
164                 index = row * om->cols + col;
165         }
166         om->data[index] = value;
167 }
168
169 static OMXINLINE double omxMatrixElement(omxMatrix *om, int row, int col) {
170         int index = 0;
171         if(row >= om->rows || col >= om->cols) {
172                 matrixElementError(row + 1, col + 1, om->rows, om->cols);
173         }
174         if(om->colMajor) {
175                 index = col * om->rows + row;
176         } else {
177                 index = row * om->cols + col;
178         }
179         return om->data[index];
180 }
181
182 static OMXINLINE void omxSetVectorElement(omxMatrix *om, int index, double value) {
183         if(index < om->rows * om->cols) {
184                 om->data[index] = value;
185         } else {
186                 setVectorError(index, om->rows, om->cols);
187     }
188 }
189
190 static OMXINLINE double omxVectorElement(omxMatrix *om, int index) {
191         if(index < om->rows * om->cols) {
192                 return om->data[index];
193         } else {
194                 vectorElementError(index, om->rows, om->cols);
195         return (NA_REAL);
196     }
197 }
198
199 static OMXINLINE void omxDGEMM(unsigned short int transposeA, unsigned short int transposeB,            // result <- alpha * A %*% B + beta * C
200                                 double alpha, omxMatrix* a, omxMatrix *b, double beta, omxMatrix* result) {
201         int nrow = (transposeA?a->cols:a->rows);
202         int nmid = (transposeA?a->rows:a->cols);
203         int ncol = (transposeB?b->rows:b->cols);
204         F77_CALL(omxunsafedgemm)((transposeA?a->minority:a->majority), (transposeB?b->minority:b->majority), 
205                                                         &(nrow), &(ncol), &(nmid),
206                                                         &alpha, a->data, &(a->leading), 
207                                                         b->data, &(b->leading),
208                                                         &beta, result->data, &(result->leading));
209
210         if(!result->colMajor) omxToggleRowColumnMajor(result);
211 }
212
213 static OMXINLINE void omxDGEMV(unsigned short int transposeMat, double alpha, omxMatrix* mat,   // result <- alpha * A %*% B + beta * C
214                                 omxMatrix* vec, double beta, omxMatrix*result) {                                                        // where B is treated as a vector
215         int onei = 1;
216         int nrows = (transposeMat?mat->cols:mat->rows);
217         int ncols = (transposeMat?mat->rows:mat->cols);
218         F77_CALL(omxunsafedgemv)((transposeMat?mat->minority:mat->majority), &(nrows), &(ncols), &alpha, mat->data, &(mat->leading), vec->data, &onei, &beta, result->data, &onei);
219         if(!result->colMajor) omxToggleRowColumnMajor(result);
220 }
221
222 static OMXINLINE void omxDSYMV(unsigned short int transposeMat, double* alpha, omxMatrix* mat,  // result <- alpha * A %*% B + beta * C
223                                 omxMatrix* vec, double* beta, omxMatrix*result){                                                        // only A is symmetric, and B is a vector
224
225         if(!result->colMajor) omxToggleRowColumnMajor(result);
226 }
227
228 static OMXINLINE void omxDSYMM(unsigned short int symmOnLeft, double alpha, omxMatrix* a,               // result <- alpha * A %*% B + beta * C
229                                 omxMatrix *b, double beta, omxMatrix* result, unsigned short int fillMat) {     // One of A or B is symmetric
230
231         char r='R', l = 'L';
232         char u='U';
233         F77_CALL(dsymm)((symmOnLeft?&l:&r), &u, &(result->rows), &(result->cols),
234                                         &alpha, a->data, &(a->leading),
235                                         b->data, &(b->leading),
236                                         &beta, result->data, &(result->leading));
237
238         if(!result->colMajor) omxToggleRowColumnMajor(result);
239         
240         if(fillMat) {
241                 for(int j = 0; j < result->rows; j++)
242                         for(int k = j+1; k < result->cols; k++)
243                                 omxSetMatrixElement(result, j, k, omxMatrixElement(result, k, j));
244         }
245 }
246
247 static OMXINLINE int omxDGETRF(omxMatrix* mat, int* ipiv) {                                                                             // LUP decomposition of mat
248         int info = 0;
249         F77_CALL(dgetrf)(&(mat->rows), &(mat->cols), mat->data, &(mat->leading), ipiv, &info);
250         return info;
251 }
252
253 static OMXINLINE int omxDGETRI(omxMatrix* mat, int* ipiv, double* work, int lwork) {                            // Invert mat from LUP decomposition
254         int info = 0;
255         F77_CALL(dgetri)(&(mat->rows), mat->data, &(mat->leading), ipiv, work, &lwork, &info);
256         return info;
257 }
258
259 static OMXINLINE void omxDPOTRF(omxMatrix* mat, int* info) {                                                                            // Cholesky decomposition of mat
260         // ERROR: NYI.
261 }
262 static OMXINLINE void omxDPOTRI(omxMatrix* mat, int* info) {                                                                            // Invert mat from Cholesky
263         // ERROR: NYI
264 }
265
266
267 #endif /* _OMXMATRIX_H_ */