gnu: Move helper code to (gnu system …) modules.

* gnu/packages/grub.scm (<menu-entry>, grub-configuration-file): Move
  to...
* gnu/system/grub.scm: ... here.  New file.
* gnu/packages/linux.scm (<pam-service>, <pam-entry>,
  pam-service->configuration, pam-service->directory,
  %pam-other-services, unix-pam-service): Move to...
* gnu/system/linux.scm: ... here.  New file.
* gnu/system/vm.scm (passwd-file): Move to...
* gnu/system/shadow.scm: ... here.  New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add
  gnu/system/{grub,linux,shadow}.scm.

gnu: vm: Remove potluck hacks.

* gnu/system/vm.scm (example1): Remove.
  (example2): Rename to...
  (system-qemu-image): ... this.  Add 'store' parameter, and remove call
  to 'open-connection'.

gnu: vm: Setup PAM.

* gnu/system/vm.scm (example2): Use 'pam-services->directory'.  Change
  POPULATE to create /etc/pam.d, /etc/login.defs, and /var/run.  Change
  BOOT to spawn syslogd; boot to Bash.  Add inputs.

gnu: vm: Create shadow files with the right format.

* gnu/system/vm.scm (passwd-file): When SHADOW? is true, use the right
  shadow(5) format.  Always add a trailing newline.

linux-initrd: Create /dev/klog and /dev/kmsg.

* guix/build/linux-initrd.scm (make-essential-device-nodes): Make
  /dev/klog and /dev/kmsg.

gnu: linux-initrd: Fix typo.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (gnu-system-initrd): Add missing
  argument to 'format' call.

gnu: linux-pam: Add declarative PAM service interface.

* gnu/packages/linux.scm (<pam-service>, <pam-entry>): New record
  types.
  (pam-service->configuration, pam-services->directory,
  unix-pam-service): New procedures.
  (%pam-other-services): New variable.

store: The 'references' parameter of 'add-text-to-store' is now optional.

* guix/store.scm (add-text-to-store): Make 'references' optional.
* tests/store.scm ("dead-paths", "references"): Use 'add-text-to-store'
  with no optional argument.
* doc/guix.texi (The Store): Adjust accordingly.

gnu: isl: Update urls.

* gnu/packages/gcc.scm (isl): Update source and home page url.

gnu: vm: Copy /etc/shadow to the guest.

* gnu/system/vm.scm (example2): Add SHADOW to #:inputs-to-copy.

gnu: vm: Create valid /etc/shadow and /etc/passwd.

* gnu/system/vm.scm (/etc/passwd): Rename to...
  (passwd-file): ... this. Add 'shadow?' keyword parameter.  Change
  format of ACCOUNTS, and fix CONTENTS.
  (example2): Adjust accordingly.  Create both /etc/shadow and
  /etc/passwd, the latter being used by getpwnam(3) & co. when nscd is
  not running.

gnu: vm: Clear timestamps on the imported files, like in the store.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Clear timestamps on the copied files.

hydra: Support a 'subset' argument.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%core-packages): New variable.
  (%packages-to-cross-build): Make an alias for %CORE-PACKAGES.
  (hydra-jobs): Check for the 'subset' argument, and honor it for values
  "all" and "core".

gnu: linux-libre: Upgrade to 3.11.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Upgrade to 3.11.  Add bc as an
  input.

gnu: grub: Add support for building configuration files.

* gnu/packages/grub.scm (<menu-entry>): New record type.
  (grub-configuration-file): New procedure.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Remove parameters 'linux',
  'linux-arguments', and 'initrd'.  Add 'grub-configuration' parameter.
  Honor them, and remove grub.cfg generation code accordingly.
  (example2): Use `grub-configuration-file', and adjust accordingly.

doc: Add "Data Types and Pattern Matching" to the Coding Style.

* HACKING (Data Types and Pattern Matching): New section.

gnu: Add the 'license:' prefix.

* gnu/packages/glib.scm (itstool): Change 'gpl3+' to 'license:gpl3+'.

gnu: Add itstool.

* gnu/packages/glib.scm (itstool): New variable.

gnu: vm: Add /etc/shadow in the QEMU image.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Add 'populate' keyword parameter and
  honor it; make it an input.
  (/etc/shadow): New procedure.
  (example2): Call it; build 'populate' script, and pass it to
  'qemu-image'.

gnu: vm: Remove unused 'qemu-image' argument.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Remove 'boot-expression' parameter,
  superseded by 'linux-arguments'.

gnu: vm: First stab at building a populated QEMU image.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (gnu-system-initrd): New variable.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Add #:linux-arguments parameter.
  [input->name+derivation]: Add case for 'store-path?' items.
  Remove LOADER from `inputs'.

gnu: linux-initrd: Fix creation of /dev/tty nodes.

* guix/build/linux-initrd.scm (make-essential-device-nodes): Make
  /dev/tty.  Change from 'block-special' to 'char-special' for /dev/tty*
  nodes.

gnu: vm: 'qemu-image' populates /dev on the target root file system.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Use (guix build linux-initrd).  Remove
  'mknod' calls; use 'make-essential-device-nodes' to populate /dev on
  the target image.
* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): When /root/dev exists,
  don't call 'make-essential-device-nodes'.

gnu: xorg: Update comment for mesa.

* gnu/packages/xorg.scm (mesa): New compilation trial with 9.2.

gnu: libdrm: Update to 2.4.46.

* gnu/packages/xorg.scm (libdrm): Update to 2.4.46.

hydra: Add Graphviz as an input to the "tarball" job.

* build-aux/hydra/guix.scm (tarball-package): Add GRAPHVIZ to
  `native-inputs'.

hydra: Add Git as an input to the "tarball" job.

* build-aux/hydra/guix.scm (tarball-package): Add `native-inputs' field.

pull: Compile files in the lexicographic order.

* guix/scripts/pull.scm (unpack): Print the name of the file being
  compiled.  Sort the names of files to compile.

build-system/cmake: Fix typo.

* guix/build-system/cmake.scm (default-cmake): Add missing quote.

build-system/gnu: Delay resolution of (@ (gnu packages cmake) cmake).

* guix/build-system/cmake.scm (default-cmake): New procedure.
  (cmake-build): Use it.

substitute-binary: Show the Nar size, when available.

* guix/scripts/substitute-binary.scm (guix-substitute-binary)["--substitute"]:
  Show the Nar size, when available.
* guix/ui.scm (show-what-to-build): Add 'TODO'.

union: Don't traverse sub-directories only found in one element of the union.

This significantly reduces I/O when building profiles, especially with
lots of package-specific sub-directories (such as 'share/emacs/24.3',
'texmf', etc.)

* guix/build/union.scm (union-build)[file-tree](others-have-it?): New
  procedure.  Use it in the 'enter?' parameter of 'file-system-fold';
  change 'skip' parameter accordingly.
* tests/union.scm ("union-build"): Ensure that 'include' is a symlink
  and 'bin' is a directory.

gnu: lzo: Build the shared library.

* gnu/packages/compression.scm (lzo): Build the shared library.

gnu: Add dfc.

* gnu/packages/system.scm (dfc): New variable.

gnu: Add htop.

* gnu/packages/system.scm (htop): New variable.

gnu: Add mingetty.

* gnu/packages/system.scm (mingetty): New variable.

store: Add a printer for <nix-server>.

* guix/store.scm (<nix-server>): Set a printer.

gnu: linux-initrd: Factorize device node creation.

* guix/build/linux-initrd.scm (make-essential-device-nodes): New
  procedure.
* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Use it.

gnu: Add git.

* gnu/packages/version-control.scm (git): New variable.

gnu: cairo: Update to 1.12.16.

* gnu/packages/gtk.scm (cairo): Update to 1.12.16.

gnu: Update harfbuzz to 0.9.20.

* gnu/packages/gtk.scm (harfbuzz): Update to 0.9.20.

gnu: python: Temporarily make python 2 the default.

* gnu/packages/python.scm (python-2): Rename this to...
* gnu/packages/python.scm (python): ...this, rename this to...
* gnu/packages/python.scm (python-3): ...this. Reverts to version 2 as the
  default input for packages requiring Python.

gnu: vm: `qemu-image' can copy store closures into the target image.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Add #:inputs-to-copy and
  #:boot-expression parameters.  Honor them.  Append INPUTS-TO-COPY to
  the #:inputs argument for `expression->derivation-in-linux-vm'.
  (example2): Add #:boot-expression and #:inputs-to-copy arguments.

gnu: `expression->derivation-in-linux-vm' accepts files as inputs.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Accept items
  in INPUTS that refer to a file instead of a package.

gnu: `expression->derivation-in-linux-vm' export references graphs.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Add
  #:reference-graphs parameter.  Honor it.  Delete duplicates in
  #:modules argument.

gnu: linux-initrd: Make device nodes for QEMU's hard disk.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Make /dev/vda*.

gnu: linux-initrd: Make Guile modules accessible in the chroot.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Add (guix build utils) to
  #:modules, and use it.  Copy .scm and .go files to /root.
* guix/build/linux-initrd.scm (bind-mount): New procedure.

gnu: python: Adapt native-search-paths for Python 3.3.

* gnu/packages/python.scm (python): Modify native-search-paths.

gnu: Add Python 3.

*  gnu/packages/python.scm (python-2): Rename from python for version 2.
*  gnu/packages/python.scm (python): New variable for version 3.

gnu: Add yasm.

* gnu/packages/yasm.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.

gnu: Add xmlto.

* gnu/packages/xml.scm (xmlto): New variable.

gnu: Add dbus-glib.

* gnu/packages/glib.scm (dbus-glib): New variable.

gnu: pari-gp: Update to 2.5.4.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.5.4.

gnu: gsl: Disable numerically unstable test on i686.

* gnu/packages/maths.scm (gsl): Disable test.

doc: Stylistic changes to "Packaging Guidelines"

doc: Add note about .dir-locals.el.

* HACKING (Coding Style): Mention special indentation rules and
  .dir-locals.el.

doc: Add a "Coding Style" section in 'HACKING'.

* HACKING (Coding Style): New section.

doc: Remove "Adding new packages" from `HACKING'.

* HACKING (Adding new packages): Remove since it's now in the manual.

doc: Remove an extra space after @ref.

gnu: hop: Allow compilation with Bigloo 4.0b.

Fixes <http://bugs.gnu.org/15194>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/patches/hop-bigloo-4.0b.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/scheme.scm (hop): Use it.

doc: Add duplicate copyright notice again.

* doc/guix.texi: Add second copyright notice again inside @ifinfo, needed
  since the first one does not appear in the info output.
  Partially undoes commit da7cabd.

doc: Fix the image size in PDF/PS/DVI output.

* doc/guix.texi (Bootstrapping): Specify an image width for the TeX
  output.  Before that, the image would be much wider than the US Letter
  page width.

build: Have `pdf' depend on the PDF image.

* doc.am (DOT_OPTIONS): Remove `-Tpng'.
  (.dot.pdf): New rule.
  (pdf-local): Depend on the .pdf.

build: Use `missing' for `dot'.

* configure.ac: Substitute `DOT'.
* doc.am (.dot.png, .dot.eps): Use $(DOT).

build: Build docs from the top-level Makefile.

This undoes commit 575ed8d ("doc: Create own Makefile.am in subdirectory."),
and fixes a bug whereby "make pdf" or "make ps" wouldn't do anything.

* doc/Makefile.am: Remove.
* doc.am: New file.  Use `-local' rules to build the image.
* Makefile.am: Include it.
* configure.ac: Use `-Woverride' to avoid undesired overridding of
  Automake rules.

gnu: gsl: Move from module algebra to maths.

* gnu/packages/algebra.scm (gsl): Move variable from here...
* gnu/packages/maths.scm (gsl): ...to here.

gnu: linux-initrd: Add (guix build linux-initrd) and use it.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Add #:modules argument.
  Factorize and move some of the code to...
* guix/build/linux-initrd.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: make-bootstrap: Remove the `debug' output from the static Coreutils.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%static-inputs)[coreutils]: Add
  `outputs' field.

gnu: linux-initrd: Allow Guile modules to be embedded in the initrd.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (raw-build-system): New macro.
  (module-package, compiled-module-package): New procedures.
  (expression->initrd): Add `modules' keyword parameter.
  Add "modules" and "modules/compiled" inputs; copy them onto the
  initrd.
* guix/derivations.scm (imported-modules, compiled-modules): Publicize.

gnu: imagemagick: Update to 6.8.6-9.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.8.6-9.

doc: Add package guidelines for names and numbers.

* doc/guix.texi: Three new subsections.

doc: Shuffle some text around.

* doc/guix.texi: Drop duplicate copyright notice, start section
    "Packaging Guidelines" with existant text.

doc: Create own Makefile.am in subdirectory.

* doc/Makefile.am: New file.
* Makefile.am: Reference subdirectory doc.

list-packages: Tidy CSS in preparation for split into external file.

* build-aux/list-packages.scm (insert-css): Tidy CSS alignment etc.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

vm: Use more keyword parameters for `expression->derivation-in-linux-vm'.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Turn `system'
  and `inputs' into keyword parameters.
  (qemu-image, example1): Adjust accordingly.

derivations: Rename #:dependency-graphs to #:references-graphs.

* guix/derivations.scm (derivation, build-expression->derivation):
  Rename #:dependency-graphs to #:references-graphs, for consistency in
  the terminology.
* tests/derivations.scm: Adjust accordingly.

gnu: Update python to 2.7.5.

* gnu/packages/python.scm (python): Update to 2.7.5.

doc: Change `HACKING' to refer to guix-devel@gnu.org.

Reported by Alex Sassmannshausen <alex.sassmannshausen@gmail.com>.

* HACKING: Replace "bug-guix" by "guix-devel".

derivations: Add #:dependency-graphs to `build-expression->derivation'.

* guix/derivations.scm (build-expression->derivation): Add
  #:dependency-graphs keyword argument.  Pass it to `derivation'.
* tests/derivations.scm ("build-expression->derivation with
  #:dependency-graphs"): New test.
* doc/guix.texi (Derivations): Update `build-expression->derivation'
  description.

derivations: Add #:dependency-graphs `derivation' parameter.

* guix/derivations.scm (derivation): Add `dependency-graphs' keyword
  parameter; honor it.
* tests/derivations.scm (bootstrap-binary): New procedure.
  (%bash): Use it.
  (%mkdir): New variable.
  (directory-contents): Add `slurp' optional parameter.
  ("derivation with #:dependency-graphs"): New test.
* doc/guix.texi (Derivations): Update accordingly.

derivations: Move 3 positional parameters into keyword parameters.

* guix/derivations.scm (derivation): Turn `system', `env-vars', and
  `inputs' into keyword parameters.
  (build-expression->derivation): Adjust accordingly.
* gnu/packages/bootstrap.scm (%bootstrap-guile): Likewise.
* tests/derivations.scm, tests/store.scm: Likewise.
* doc/guix.texi (Derivations): Likewise.

gnu: Add Guile-Lib.

* gnu/packages/guile.scm (guile-lib): New variable.

download: Add kernel.org mirrors.

Fixes <http://bugs.gnu.org/15182>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/download.scm (%mirrors)[kernel.org]: Add ftp.be.debian.org and
  mirror.linux.org.au.

hydra: Comment out all Git invocations in `bootstrap'.

* build-aux/hydra/guix.scm (tarball-package): Comment out all `git'
  invocations.

hydra: Add missing import.

* build-aux/hydra/guix.scm: Use (srfi srfi-26).

hydra: Return a symbol/thunk pair.

* build-aux/hydra/guix.scm (hydra-jobs): Return a symbol/thunk pair.

gnu: pius: Use the right `gpg' binary.

* gnu/packages/gnupg.scm (pius): Add GnuPG as an input.  Patch the
  installed binaries to refer to the right GnuPG executable.  Fix
  synopsis.

hydra: Extract the actual file name from the Guix checkout.

* build-aux/hydra/guix.scm (hydra-jobs): Extract the `file-name' part of
  CHECKOUT.

hydra: Add job to run "make distcheck" on Guix.

* build-aux/hydra/guix.scm: New file.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Add it.

gnu: Add Guix.

* gnu/packages/package-management.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

build-system/gnu: Add `dist-package'.

* guix/build/gnu-dist.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/build-system/gnu.scm (%default-modules): New variable.
  (gnu-build): Use it.
  (dist-package): New procedure.

packages: Allow file names as package sources.

* guix/packages.scm (package-source-derivation): Add cases for SOURCE as
  a store path or user file.
* tests/packages.scm ("package-source-derivation, file",
  "package-source-derivation, store path"): New tests.

doc: Mention what's in the chroot, and add a caveat about /dev/shm.

* doc/guix.texi (Setting Up the Daemon): Document the default content of
  the chroot, and the /dev/shm caveat.

gnu: Add pspp.

* gnu/packages/maths.scm (pspp): New variable.
* THANKS: Thank John Darrington for help with debugging.

gnu: Add libmicrohttpd.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): New variable.

gnu: Add units.

* gnu/packages/maths.scm: New module.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.

gnu: Add libextractor.

* gnu/packages/gnunet.scm: New module.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.
* THANKS: Thank Christian Grothoff for help with debugging.

gnu: Add gkrellm.

* gnu/packages/gkrellm.scm: New module.
* gnu/packages/gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.

gnu: Add Valgrind.

* gnu/packages/valgrind.scm, gnu/packages/patches/valgrind-glibc.patch:
  New files.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add valgrind.scm.
  (dist_patch_DATA): Add valgrind-glibc.patch.

gnu: Add GNU lightning.

* gnu/packages/lightning.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.